战争总有伤亡，平民生命财产难免受到损失。但蓄意杀害非战斗人员则属于暴行。日军侵占南京前后，大规模地进行有计划和有组织的暴行如下：

　　1、杀害丧失抵抗能力的中国士兵

　　南京大屠杀事件中被虐杀人数最多的是处在伤残、投降、俘虏状态下的中国士兵，日军的暴行违反了国际法《关于陆战的法规惯例条约》中禁止“杀伤放弃武器以及丧失自卫手段投降的士兵”的规定。还有不少放弃武器，脱下军服投奔到南京国际难民区(当时称为安全区)内的中国士兵，日军也以“便衣兵”的名义而加以杀害。如马吉牧师在给上海妻子的信中写道：“12月24日，开始办理豋记了。日军当局认为，难民区内还藏有中国士兵二万人，他们定欲肃清这些‘恶鬼’。我们向他们表示，剩下来的中国士兵恐怕不到一百人。但无论如何，许多无辜的难民必须还要受难，他们都觉得恐惧不安。”所谓“豋记”，就是日军欺骗改穿便衣的华军说：如果曾当兵的，出来登记就可以保存生命，罚做夫役。不然，一旦查出便处死！结果，一些人受骗站了出来，一些劳动人民因手上有硬茧而被视为便衣兵，也全被捆载而去，一部分被机枪射杀，一部分作为日军劈剌练习的活靶。佐佐木说，从1937年12月24日至1938年1月5日，在十三天中，他查出“散兵”两千人左右，收容在旧外交部里，其余在安全区那里的中国伤兵，也作为俘虏收容起来。此外，逮捕了南京近郊的数千名“散兵”，都在下关清理(屠杀)掉。

　　2、杀害老百姓

　　战争的手段只是达到政治手段所不能达到的目的，并不是杀戮没有作战能力的人。战争时一般不攻击非武装区，和杀害非战斗人员。日本没有遵守这战争的道德，任意杀戮非战斗人员。日军肆意屠杀难民，和被怀疑为当过兵的成年男子，这类遇害者的人数最多。日军以杀戮中国人作乐，其中最臭名远播的是向井敏明和野田岩的杀人比赛。据《东京日日新闻》在昭和十二年(1937年)11月30日、12月6日、13日报导，片桐部队的两个少尉进行在“占领南京前谁先杀死一百个人”的比赛，结果一个杀了106人，一个杀了105人。野田岩那个屠夫自白说：“实际上，我在突击过程中遇到白刃战时，只杀了四、五个人。……我向已经占领的敌人壕沟那边叫喊：‘你──来来！’于是中国兵一个个向我们这边跑来。我要他们排在一边，逐个杀死。”这段话显示了这两个杀人狂魔的比赛不是较量谁作战最英勇，只是较量谁最残酷，谁能杀害最多手无寸铁的战俘和平民百姓！天网恢恢，疏而不漏。这两个罪行滔天的战犯在1947年被引渡来华，经审讯后判处死刑。

　　3、强奸及奸杀

　　日本侵华期间，大部分日军经常犯下这种暴行，而且在打仗之外几乎是随时都普遍进行，这确实是日军有组织的犯罪行为。强奸不但伤害了女性的身体，而且也深深地伤害了她们和她们家属的心灵。贝茨博士在远东国际法庭上作证说：“日本军占领南京后一个月，国际委员会主席拉贝向德国官员提出报告说：相信至少有两万人被强奸。……日本兵成群结队，几乎每天每晚到处在马路上游荡，特别是在安全地带内转来转去。……他们为了寻找妇女进行强奸，到处乱窜。……在南京神学院内，我的朋友看到十七个日本兵轮奸了一位中国妇女。这里，不特别去谈论与这类强奸有关的发疯似的或残暴的事件，但要附带一提的是，就是在大学内(金陵大学)，连九岁的女孩和七十六岁的老婆婆也被强奸。”这些禽兽行为绝对与军事行动沾不上任何关系。

　　4、财产权的侵犯

　　日军在南京进行了长时间的与战斗行为没有直接关系的掠夺和纵火。贝茨博士在远东国际法庭作供说：“开始占领南京时，约有五万个日本兵从难民那里拿走了许多被褥、厨房用具和副食品。在占领后六个星期内，他们几乎侵入了市内的所有建筑物。有时，他们的掠夺行为是非常有组织地进行的，他们动用了许多军用卡车，在军官的指挥下进行。……从12月19日或20日左右开始，在六个星期内，建筑物经常被火烧掉。日本兵有时也在掠夺了一批商店的东西后，即付之一炬。”据《一个德国人的所见所闻》一书说，南京市区的整个南部全被烧光，现在只剩下了太平路、中山东路、国府路、九江路，焚毁的面积占市区的百分之三、四十。

　　5、生存权和生活权的侵犯

　　南京大屠杀使不少家庭失去了丈夫和父亲，平均每七个家庭中有一个人遭到杀害，到处都是失去依靠的孤儿寡妇。

　　南京近郊的农村，农家的房屋有40%被毁，牲畜、主要的农具、贮藏的谷物和农作物等遭到约50%的损失。田里的小麦成了日军喂马的饲料，蔬菜经常被日军“偷盗”，贮藏的粮食被日军以“调配”、“征收”的名义掠夺。农民的再生产活动受到破坏，农作物和谷物短缺。在被剥夺了营业、制造和劳动等生产条件的情况下，南京市民面临着饿死、冻死、病死的威胁，生存权和生活权遭受到严重的侵犯。

　　日军种种的残暴行为，令无数中国同胞的生命和财产受到摧残。那些好不容易才从日军暴行中死里逃生的人，则蒙受着极大的困难和痛苦，这些困难和痛苦因为日军的长期占领而日益深重。甚至直到六十年后的今天，这些痛苦和恶梦仍然持续着。