南京大屠杀的直接原因，是日本军国主义者决定的“给南京以沉痛打击”的方针，及其“不留俘虏”的命令。

　　关于前者，是由于日本军国主义者盲从日本民族“优越”论，认为日本是“神国”，同时极端蔑视亚洲其它民族，认为亚洲各民族应当服从日本的统治，若不服从，就要加以“膺惩”。若反抗日本的“进入”，就要用屠杀等暴力手段使之屈服。1937年日本发动全面侵华战争，8月15日日本政府发表了“膺惩暴支”的声明，其意即是宣战。9月5日，日本外务大臣广田弘毅在议会发表演说：“我国为了使这种国家反省它的错误(即要中国投降)，而决心予以决定性的打击。”“日本帝国所能采取的唯一道路，就是使中国军队完全丧失战争意志而予以上述打击”。因此，所谓的“膺惩”，就是用暴力手段来消灭中国的抗战意志。

　　南京是当时中国的首都，日本军国主义者认为，“给南京以沉痛打击”，就可以迫使中国屈服了。日军侵占南京后，12月14日，日本领事馆某官员对南京国际委员会透露了这一方针，说：“陆军决心给南京以沉痛的打击。”战后，远东国际法庭判决书说：“对都市或农村居民实行屠杀，……这就是所谓的‘膺惩’行为。这些行为在中日战争中一直未停过，其中最坏的例证，就是1937年12月对南京居民的大屠杀。”

　　当然，从更深的层次来看，日军屠杀暴行与日本军国主义长期以来在日本士兵和国民中灌输蔑视中国的意识有关。由于存在着这种观念，日本官兵以为即使将中国人杀害也没有关系。如1938年1月初，攻占南京的第16师团长中岛对陆军省人事局长说：“支那人什么的，有多少杀多少。”当时随第10军采访的同盟社记者对松元重治说：“柳川兵团之进军所以迅速，甚至可以说，那是由于在官兵中一有种‘可以随意进行掠夺和强奸的默契’。”

　　与此相应，日本拒绝将国际法有关战争法规适用于侵华战争。日本军国主义者自1931年制造九一八事变以来，一直坚持说对中国的侵略是“事变”而不是战争，因而战争法规不能适用于这“冲突”。日本投降后，甲级战犯武藤章在国际法庭供认：在1938年，日本正式决定依旧称中日战争为“事变”，并以此为理由，对被捕的中国人不作为俘虏对待。甲级战犯东条英机在法庭上也作了同样的供述。藤原彰教授指出：这一不适用交战法规的决定，以后依次传达给各部队了。

　　还有，从当时的日本军队来说，军队中极不尊重人权和自由，充斥着非法的欺压和暴力的肉体惩罚。这样的军队，一旦以战胜者的姿态面对敌国的平民和俘虏，其凶恶和残暴就加倍地爆发出来。所以不但在南京，在中国其它地方和东南亚，都有日本侵略军的暴行。

　　除了大规模的屠杀及强奸，日军还在中国的领土进行大规模的枪掠及放火，像这样大量的掠夺和放火的根本原因，是日军轻视乃至无视食粮和装备的补给供应便展开战争，因此造成了各部队的“现地筹措”，这意味着掠夺放火也是日军的有计划和有组织的犯罪行为。