据台军方消息称，台军研制的雄风2E巡航导弹，已开始秘密部署于台湾本岛，并编制正式名称为“国防部飞(导)弹司令部第一中队”。据了解，这也是台军方第一个成立的战略部队。

　　据台湾媒体报道，依据台军方规划，未来“飞弹司令部”将成立三个巡航导弹中队，每一个中队配置部署18至24枚巡航导弹。

　　消息称，目前开始在台湾本岛秘密部署的巡航导弹第一中队，全部机动发射，并无固定阵地。军方考虑当第一中队编装与导弹全部到位后，举行成军典礼，并对外正式公开雄风巡航导弹。

　　据了解，目前部署于第一中队的巡航导弹，属第一构型，射程不及1000公里，但精准度误差范围在5米以内。由于巡航导弹还会不断研发改进，日后部署的第二中队，即属第二构型，依此类推。据称台军方对巡航导弹射程已非研制难题，军方设定的目标，最终构型是2000公里。巡航导弹全案研制经费，约为新台币30亿元，每枚导弹造价接近1亿元。

　　而据说美方知道台军已开始部署巡航导弹的消息时，态度是“乐观其成”，“只要台湾不发展核武，美方就不会管”。

　　此外，台向美采购的纪德舰返台成军后，台军方与“中科院”即着手将巡航导弹装在舰上，让纪德舰拥有“攻陆型巡航导弹”，可对大陆导弹发射点进行攻击。而研发的各型反制导弹，日后亦将配置于这个所谓的“飞弹司令部”。