台军方将持续裁减前线外岛驻军，金门、马祖与澎湖等“防卫司令部”，都将降编为“指挥部”，三处总兵力将降到1万余名。此外，2008年之后，金、马、澎三地将取消旅级层级，由防区指挥官直接指挥各营级部队。目前驻军人数最多的金门，将从现在的近万人缩减到5000余人。

　　据台湾媒体报道，金门、马祖驻军最盛时期金门就有10万人，马祖5万人，澎湖也有近2万人，当时台军陆军兵力一半左右的部队都戍守金马澎，不少人服兵役时都抽中“金马奖”。其中金门的“防卫部司令官”在1988年6月之前曾为“上将”军衔，重要性可见一斑。

　　不过，在1996年之后，台军方体认到解放军已经拥有将火力投射到台湾本岛的能力，外岛驻军太多，在战时将形同“人质”，在汤曜明担任台军“参谋总长”期间，就开始要求外岛驻军缩小规模，而这次台“防长”李杰主导的“精进案”第二阶段也体现这项趋势。

　　按规划，到2008年“精进案”第二阶段结束时，金、马、澎三个“防卫司令部”降编为“指挥部”，指挥官编阶降为“少将”，烈屿旅长改任当地指挥官，三地的旅级层级全部取消，所辖的营级单位部分进行合并，未来将由防区指挥官直接指挥各营级部队。

　　据说“防卫司令部”降为指挥部还有另外一个理由，就是明年元旦“陆海空军总司令部”将降为“司令部”，如果下辖单位不跟着改变，将会出现一大堆“司令部”而无法分出层级的高低，因此改变势在必行。

　　但台军方也指称，离2008年还有3年时间，虽然初步已经有规划，除降编为指挥部的规划外，其它部分还不算最后定案，不排除执行期间还会有所变化。