据台湾媒体报道，县市长选举由泛蓝大胜，大陆台商表示，民进党大输之后必会开始展开重组，由于主掌两岸关系的权力仍在民进党手中，台商圈纷纷揣测陈水扁可能会藉由“二次经发会”召开，直接宣布“三通”等政策，来转移败选焦点。

　　广州台商协会会长吴振昌表示，虽然此次选举由国民党获胜，吴振昌说，执政权力还是在民进党，台商多半认为不致对目前处于缓和的两岸关系会有冲击，只是希望当局在检讨败选之际，也能一并检讨两岸关系。

　　不过，吴振昌也忧心地说，这次选举结果似乎使南部(民进党)、中北部(国民党)的版图割裂更加明显，他呼吁朝野在选后应拋开选前那种激烈的竞争，朝野真的应该好好进行和解。