不少两岸学者认为，未来两年，不排除陈水扁会孤注一掷，挟持民进党彻底走向激进“台独”路线。

　　据新华澳报报道，出席首届北京台研论坛的著名研究民进党的专家、厦门大学台湾研究院教授林劲在其论文中指出，此次县市长选举结果对民进党造成很大的冲击，引发党内的强烈“地震”，可能成为民进党推动新一轮党务革新的契机，不亚于1996年“大选”受挫之后的内讧及路线大辩论。然而，形势与当年有着极大的不同，现阶段民进党处于执政地位，并无当年的生存危机或发展瓶颈的紧迫感，且负有主要责任的陈水扁缺乏连任的压力和带领民进党长期执政的使命感，因此选后由陈水扁主导的党内的反省和检讨难以彰显成效，反倒可能加剧党内的派系矛盾，世代矛盾以及围绕权力资源重新分配的斗争。

　　中国社会科学院台湾研究所政治研究室主任刘红认为，未来陈水扁的行为将有“三种可能”。第一种是“公投台独新宪法绑选举”，在体制内很难完成“法理台独”的情况下，在2006年提出“台独新宪法”草案基础上，在2008年3月台湾地区领导人换届选举时，借助所谓“公投法”举办“新宪公投”，利用极端对立来煽动泛绿阵营的支持，打压泛蓝军。

　　第二种是制造“柔性政变”，利用控制军警宪特的机会，组织特殊班子，一是制造针对泛蓝军主要负责人的恶性事件，二是对泛绿主要负责人再次使用“苦肉计”，三是在选举中作票，保住民进党的执政权。

　　第三种是制造紧张，利用“极端台独”事件，挑起事端制造宣布“戒严”、延期或推迟选举的事实，从而控制选举。“三种可能”违反台湾现行选举游戏规则，但前有“两颗子弹”加选举作票的成功范例，后有制造事端的政治条件和社会基础，善于逆势操作的陈水扁当局确实存在“三种可能”。

　　全国台联研究室副主任杨毅周指出，在台湾岛内，陈水扁选择全面对抗新“台独”路线拥有一定的市场。一是两岸关系仍处于对立的结构中，为陈水扁提供了操作对抗性路线提供了空间。二是陈水扁手中还掌握着一定的权力和资源。通过手中的权力和资源，陈水扁可以不顾一切地把政策推动到底。三是“台独”基本教义派的支持，是陈水扁的政策基础。而台湾岛内的“主体意识”也仍在发展中，使陈水扁的操弄有恃无恐。四是泛蓝内部仍然存在着严重的矛盾，为陈水扁分化泛蓝提供机会。五是国际社会仍有一些不愿看到中国发展的右翼势力，如日本、美国的一些反华势力，将为陈水扁的路线提供一定的国际支持。六是台湾的“宪法”经过多次修改，已经面目全非，矛盾重重，陈水扁打着“民主牌”、“本土牌”、“自决牌”等，仍有一定的欺骗性。

　　他指出，陈水扁必然会在两岸关系上，以刺激、丑化祖国大陆，制造两岸人民的仇恨心态，恶化台海局势，巩固两岸对立对抗的政治格局，阻碍两岸关系发展，推动台湾走向“法理独立”的道路，在台湾岛内，制造族群对立对抗，其特征是以政治为核心，以“制宪”自决为主要诉求，大张旗鼓地推进“台独”。

　　亲民党政策研究中心主任、“立委”张显耀则在其《民进党两岸政策的发展与困境》论文中认为，陈水扁达到“终统”目的后，在权力及选举的驱动下，为求继续赢得深绿的全面爱戴，很有可能促使其加速推动“急独”的主张。陈水扁为巩固党内领导权力，提振“三合一”败选后民进党低迷的声势，以及为今年底直辖市选举造势，未来将以“寡头决策”方式朝“台独”路线前进。

　　他指出，在今年3月“终统”风波过后，紧接而来就是进行“公投修宪”运动。预料未来不到两年内，台湾内部将掀起“制宪”与反“制宪”、“公投”与反“公投”的拉锯战，再度掀起台湾内部“统独”论战，并引发大陆与美国对于两岸现状即遭改变的疑虑。面临国际反对“台独”的环境，陈水扁未来可能继续操作“统独”议题来巩固个人权力及各项选举求胜，是引发两岸关系紧张与波澜的重要关键。