台“总统府”确定的最后方案中，确定陈水扁此次“出访”前后将共动用3架飞机，根据航空业者保守估计，客机加“空军一号”等费用总计可能近2000万元(新台币)。

　　据台湾《中国时报》《联合报》报道，在最后确定的方案中，陈水扁及主要访问团成员，9月3日上午9时将搭乘“空军一号”出发飞往帕劳，随团记者及部分随行人员则另外搭

　　乘一架向华航租用的737客机前往。“空军一号”把陈水扁送到帕劳后马上折返回台湾。

　　而华航再另外从台湾开一架737空机，赶到帕劳，待陈水扁9月5日晚上，结束帕劳行程，转往瑙鲁时，便换乘华航飞机，于6日清早抵达瑙鲁。当晚，这2架华航的737客机，再把陈水扁一行人载送到关岛，进行4个多小时的“过境”停留。

　　据业者估计，737-800客机从台北飞到帕劳，耗费燃油加上机场起降费的单程成本估计约80万元，但若加计租机费用及“空军一号”的营运操作成本，总计可能近2000万元。