该合作协定是我国参照《打击“三股势力”上海公约》的内容，与上海合作组织以外的国家签署的第一个打击“三股势力”双边协定，由中国外交部长李肇星与巴基斯坦内政部长阿夫塔卜·艾哈迈德·汗·谢尔帕奥于2005年4月5日在伊斯兰堡签署。协定共十八条，规定了恐怖主义、分裂主义和极端主义的定义，建立了专家定期会晤和磋商机制，双方将根据协定相互提供协助，加强技术培训等方面的合作。根据协定第十八条的规定，该协定自互换批准书之日起生效。