由于台当局决定将“大选”与“公投”投票捆绑进行引发各界争议，台北市及花莲县无惧台“行政院”处分的规定，自行决定“大选”与“公投”的投票方式将分开举行。

　　据了解，应因台湾“大选”逼近，有媒体报道说，岛内泛蓝阵营杯葛“公投”的攻势日见奏效，令原本欲利用“公投”为自己加分的民进党倍感压力。

　　连战在21日的电视辩论上首度表示，将不会领取“公投”票。这引起了民进党人的强烈反击。

　　此外，继苗栗、云林之后，台北市、花莲县亦表示要把“公投”、“大选”分开投票，避免发生混乱。

　　但同时台“行政院”22日点名批评台北市长马英九，指他误导舆论。而台湾地区现任副领导人吕秀莲亦猛批马英九带头对抗“中央”。

　　据台湾媒体报道说，民进党原本计划以“公投”迫使国亲处于被动位置、为扁莲选情加分。但随“大选”日逼近，反对“公投”的声音愈来愈大，加上地方和“中央”在投票方式上出现分歧，有关“公投”议题的操作，愈来愈不为民进党所掌握。