新一轮国务院机构改革解决了铁路多年政企不分的难题，迈出了加快完善社会主义经济体制的重要一步。政企分开，裁判员和运动员不再集于一身，监管将更尽责、企业经营将更自主，有利于从体制上保障铁路运营秩序和安全，还有利于社会资本的进入。
党的十八大提出，经济体制改革的核心问题是处理好政府和市场的关系，必须更加尊重市场规律，更好发挥政府作用。从这个意义上讲，铁路政企分开奠定了不仅在铁路行业、而且在整个交通运输领域处理好政府和市场关系的体制基础，其深远影响涉及整个交通运输领域，甚至经济体制改革整体。本次大部制改革把铁路政企分开作为突破口，显示出新一届中央领导集体深化改革的坚定决心。
政企分开后，至少有三方面的问题不容回避
铁路政企分开，并不是说铁路改革已经完成，恰恰相反，这只是改革的序幕。比政企分开更难于处理的挑战将随之显现，至少有三方面的问题不容回避：
第一，本次改革将拟定铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部，铁路、公路、水运、民航的发展规划和政策制定在交通运输部内如何整合，对交通运输部是一个巨大挑战。
2012年底全国高速公路总里程达到9.6万公里，超过美国居世界第一。但我国又深受交通运输结构不合理的困扰，大量用汽车运输煤炭等基础原材料，用稀缺的石油资源换廉价的煤炭资源，降低了资源配置效率。不含远洋运输，我国铁路货运周转量的份额从1978年的73%下降到2011年的27%。交通运输结构扭曲造成了物流成本高、公路死伤事故频发等一系列问题。
交通运输部如何摆正位置扭转交通结构不合理的问题，不仅涉及机构职能整合，而且涉及观念、政策、规划、规范、工作流程的调整，同时还涉及与国家发改委的职能调整。另外，交通运输部还负责管理国家铁路局，而国家铁路局除负责安全监管，还要承担对其而言完全陌生的经济监管职能。交通运输部进行职能整合、重新定位、机构重组的工作面临诸多挑战。
第二，铁路巨额债务和公益性运输亏损问题亟待解决。截至2012年三季度，原铁道部负债增加至2.66万亿元，资产负债率达62%，并且在2014年将进入还债高峰。进行大规模铁路建设，资产负债率快速上升并不可怕，令人担忧的是投资形成的资产不能创造预期收入。高速铁路的技术标准高，建设运营成本高、票价高，且与既有线不兼容，普通客车不能上高速客运专线运行，导致投入运营的高速客运专线普遍严重亏损，而老百姓抱怨“被高铁”。
在铁路政企合一的原有体制下，公益性运输(包括农产品运输、学生票半价、客票价格长期不变等)是用货运收入来弥补亏损的。政企分开后公益性运输亏损不能再由铁路总公司承担，需要国家财政补贴，而国家财政该补贴多少？如何补贴？无疑将面临艰难选择。
第三，新组建的中国铁路总公司需要进行打破垄断引入竞争的改革。铁路政企分开的最主要目标是，焕发企业活力、提高运输效率、加快铁路发展。如果不进行打破垄断、引入竞争的铁路运输企业重组，上述目标将无法实现。我建议当前可从推动形成以中国铁路总公司为控股公司、三大区域铁路公司为市场主体的改革入手。
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