2.巢湖
2013年上半年，巢湖湖体为轻度污染。8个国控点位中，Ⅲ类、Ⅳ类、Ⅴ类水质点位分别有1个、5个、2个。东半湖为轻度污染，西半湖为中度污染。主要污染指标为总磷和化学需氧量。营养状态评价表明，全湖平均为轻度富营养状态。与2012年上半年相比，巢湖水质和营养状态均无明显变化。
巢湖总氮平均浓度为1.68毫克/升，好于Ⅴ类水质标准。巢湖环湖河流总体为中度污染，主要污染指标为氨氮、总磷和化学需氧量。11个国控断面中，Ⅰ～Ⅲ类水质断面占72.7%，劣Ⅴ类占27.3%。与2012年上半年相比，水质明显好转。
2013年4月1日～6月30日，对巢湖湖体进行了24次蓝藻预警监测，结果显示：
巢湖西半湖湖体藻类密度范围为59万个/L～9240万个/L，均值为372万个/L，同比减少420万个/L，水华程度为“轻微水华”；东半湖湖体藻类密度均值范围为42万个/L～455万个/L，均值为180万个/L，同比减少158万个/L，水华程度为“无明显水华”。
对巢湖湖体蓝藻水华情况进行了91次卫星遥感监测，其中57次部分或全部水域被云覆盖，无法监测到有效水华，占总次数的62.6%。其余34次中，21次水华规模为“未见明显水华”，占61.8%，同比提高14.7个百分点；13次水华规模为“零星性水华”，占38.2%，同比降低14.7个百分点。监测期内最大规模蓝藻水华出现在6月12日，面积约65平方千米，占巢湖水域面积的8.5%。
3.滇池
2013年上半年，滇池10个国控点位均为劣Ⅴ类水质。草海和外海为重度污染，全湖平均为重度污染。主要污染指标为化学需氧量、总磷和高锰酸盐指数。营养状态评价表明，滇池草海、外海均为中度富营养状态。与2012年上半年相比，滇池水质和营养状态均无明显变化。
滇池总氮平均浓度为2.71毫克/升，劣于Ⅴ类水质标准。
滇池环湖河流总体为重度污染，主要污染指标为氨氮、化学需氧量和总磷。15个国控断面中，Ⅰ～Ⅲ类水质断面占6.7%，劣Ⅴ类占66.7%。与2012年上半年相比，水质有所下降。
2013年4月1日～6月30日，对滇池湖体进行了13次蓝藻预警监测，结果显示：
滇池湖体藻类密度范围为1093万个/L～21887万个/L，均值为4835万个/L，同比增加91万个/L。水华程度为“轻度水华”。
对滇池湖体蓝藻水华情况进行了48次卫星遥感监测，其中20次部分或全部水域被云覆盖，无法监测到有效水华，占总次数的41.7%。其余28次水华规模均为“零星性水华”，同比提高4.0个百分点。监测期内最大规模蓝藻水华出现在5月13日，面积约4.0平方千米，占滇池水域面积的1.4%。
4.重要湖泊
2013年上半年，监测的31个大型淡水湖泊中，白洋淀、贝尔湖、程海、达赉湖、淀山湖、乌伦古湖为重度污染，洪泽湖为中度污染，博斯腾湖、菜子湖、洞庭湖、鄱阳湖、小兴凯湖、兴凯湖、阳澄湖、阳宗海等为轻度污染，东平湖、高邮湖、镜泊湖、龙感湖、骆马湖、南四湖、南漪湖、升金湖、瓦埠湖、武昌湖水质良好，洱海、抚仙湖、斧头湖、洪湖、梁子湖、泸沽湖水质为优。
洞庭湖11个国控点位中，Ⅲ类、Ⅳ类水质点位分别有4个、7个。与2012年上半年相比，水质无明显变化。
鄱阳湖17个国控点位中，Ⅲ类、Ⅳ类水质点位分别有12个、5个。与2012年上半年相比，水质有所下降。
洪泽湖6个国控点位均为Ⅴ类水质。与2012年上半年相比，水质无明显变化。
监测总氮的31个湖泊中，4个劣于Ⅴ类水质，20个达到Ⅲ类水质标准。
监测总磷的31个湖泊中，2个劣于Ⅴ类水质，21个达到Ⅲ类水质标准。
监测营养状态的29个湖泊中，达赉湖、淀山湖为中度富营养，白洋淀、贝尔湖、高邮湖、洪泽湖、南四湖、南漪湖、鄱阳湖、阳澄湖为轻度富营养，其余湖泊为中营养或贫营养。
5.重要水库
2013年上半年，监测的27个重要水库中，莲花水库水质劣于Ⅲ类水质。长潭水库、千岛湖、石门水库、太平湖、新丰江水库、漳河水库为Ⅰ类，丹江口水库、东江水库、隔河岩水库、黄龙滩水库、密云水库、松涛水库、大伙房水库为Ⅱ类。
监测总氮的27个水库中，6个劣于Ⅴ类水质，19个达到Ⅲ类水质标准。
监测总磷的27个水库中，无劣于Ⅴ类水质，26个达到Ⅲ类水质标准。
监测营养状态的26个重要水库中，其余水库为中营养或贫营养。
(四)地表水重金属污染
2013年上半年，12个地表水国控断面(点位)共出现22次重金属超标现象。超标断面(点位)分布在永定新河(海河流域)、御河(海河流域)、海河(海河流域)、北运河(海河流域)、达赉湖(重要湖泊)、派河(巢湖流域)、螳螂川(长江流域)、渭河(黄河流域)、阳宗海(重要湖泊)和洪泽湖(重要湖泊)。分省区来看，超标断面(点位)分布在天津(4个)、云南(2个)、内蒙古(2个)、安徽(1个)、山西(1个)、陕西(1个)、江苏(1个)。从污染指标看，汞超标频次最多，占总超标次数的50.0%；其次是砷，占36.4%。
在重金属超标断面(点位)中，汞超标断面(点位)7个，共超标11次；砷超标断面(点位)3个，共超标8次；硒超标断面(点位)2个，共超标4次；镉超标断面(点位)2个，共超标2次；铅超标断面(点位)1个，共超标1次。各超标断面(点位)重金属污染程度不同，汞超标倍数在0.2倍～9.0倍，最大超标断面出现在陕西省渭河兴平断面；砷超标倍数在0.2倍～0.9倍，最大超标断面出现在内蒙区达赉湖甘珠花断面；硒超标倍数在0.2倍～1.0倍，最大超标断面出现在江苏省洪泽湖蒋坝镇断面；镉超标倍数在0.8倍～3.0倍，最大超标断面出现在安徽省派河肥西化肥厂下断面；天津市海河海河大闸断面铅超标倍数为0.8倍。
2013年上半年，“锰三角”地区5条河流的13个断面中，锰达标断面占23.1%，超标断面占76.9%。酉水河里耶镇、高桥、江口断面锰超标2.9倍、2.7倍、2.2倍，大溪、凤滩水库断面锰达标；清水江石花村、茶洞、边城镇、治乌、木溪断面锰超标3.7倍、2.9倍、2.5倍、2.0倍、0.9倍；石龙河木树断面锰超标3.5倍；舞阳河罗家寨断面锰超标0.4倍，锦江河施滩断面锰达标。
四、饮用水源地水质
2013年上半年，326个地级以上城市906个饮用水源地取水总量为147.8亿吨，服务人口3.31亿。
饮用水源地达标水量为143.8亿吨，占取水总量的97.3%。
906个饮用水源中，地表水水源地561个，529个达标，占94.3%；地下水水源地345个，304个达标，占88.1%。
306个地级以上城市中，263个城市饮用水全部达标，占85.9%(20个城市未报送监测水量，无法计算城市水量达标率)。
五、近岸海域海水水质
2013年上半年，全国近岸海域总体水质一般，与2012年上半年持平。一、二类海水比例为66.7%，三、四类海水比例为18.3%，劣四类海水比例为15.0%。与2012年上半年相比，一、二类海水比例下降3.0个百分点，三、四类海水比例上升6.9个百分点，劣四类海水比例下降3.9个百分点。
影响全国近岸海域的主要污染因子为无机氮和活性磷酸盐。
渤海近岸海域水质一般。一、二类海水比例为63.2%，三、四类海水比例为26.5%，劣四类海水比例为10.2%。主要污染因子为无机氮、石油类、pH、铅和镉。与2012年上半年相比，一、二类海水比例下降6.2个百分点，三、四类海水比例上升4.2个百分点，劣四类海水比例上升2.0个百分点。
黄海近岸海域水质良好。一、二类海水比例为85.1%，三、四类海水比例为14.8%，无劣四类海水。主要污染因子为无机氮和石油类。与2012年上半年相比，一、二类海水比例下降2.9个百分点，三、四类海水比例上升2.9个百分点，劣四类海水比例持平。
东海近岸海域水质差。一、二类海水比例为37.9%，三、四类海水比例为26.3%，劣四类海水比例为35.8%。主要污染因子为无机氮和活性磷酸盐。与2012年上半年相比，一、二类海水比例持平，三、四类海水比例上升11.6个百分点，劣四类海水比例下降11.6个百分点。
南海近岸海域水质良好。一、二类海水比例为85.5%，三、四类海水比例为8.8%，劣四类海水比例为5.8%。主要污染因子为pH和无机氮。与2012年上半年相比，一、二类海水比例下降4.8个百分点，三、四类海水比例上升5.8个百分点，劣四类海水下降1.0个百分点。
9个重要海湾中，黄河口、北部湾水质优，一、二类海水比例大于90%且一类大于60%；胶州湾水质一般，一、二类海水比例大于60%；辽东湾水质差，一至四类海水比例大于90%且一、二类小于60%；渤海湾、长江口、杭州湾、闽江口和珠江口水质极差，劣四类海水比例大于40%。
六、声环境质量
2013年上半年，113个环保重点城市功能区噪声昼间达标率为90.6%，夜间达标率为68.4%。其中，疗养区昼间达标率56.3%，夜间达标率40.6%；居住区昼间达标率89.4%，夜间达标率70.6%；混合区昼间达标率90.9%，夜间达标率79.2%；工业区昼间达标率97.9%，夜间达标率87.7%；交通干线两侧区域昼间达标率87.0%，夜间达标率35.9%。
与2012年上半年相比，各类功能区达标率变化为：疗养区昼间达标率降低11.3个百分点，夜间提高11.2个百分点；居住区昼间提高1.5个百分点，夜间提高2.3个百分点；混合区昼间降低0.1个百分点，夜间提高3.6个百分点；工业区昼间提高0.3个百分点，夜间提高3.9个百分点；交通干线两侧区域昼间提高2.4个百分点，夜间提高3.9个百分点。
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