据台湾《工商时报》报道，7年前，“新加坡商”阿里巴巴直接赴台申请公司登记，台当局经济部门发现，阿里巴巴并未以陆资名义补登记，若半年内未重新补件申请，将要求其撤资，逐出台湾市场。阿里巴巴方面则表示，一切遵照合法程序进行，并不存在任何“偷吃步”或隐瞒；对于台湾主管机关的相关处理及要求，阿里巴巴将向其提出诉愿和积极沟通。
据台当局经济部门商业登记数据显示，新加坡商阿里巴巴电子商务股份有限公司(ALIBABA.COM SINGAPORE E-COMMERCE PRIVATE LIMITED)在2008年直接赴台申请登记分公司，营业项目包括信息软件服务业、数据处理服务业、电子信息供应服务业、一般广告服务业、广告传单分送业，除许可业务外，得经营法令非禁止或限制之业务。目前台湾分公司总经理为傅纪清。
据悉，台湾相关单位去年起就盯上阿里巴巴，认为由于该公司是陆资事实明确，要求阿里巴巴台湾分公司应以陆资身份在台登记。不过，阿里巴巴认为，最终控股公司在美国上市，仅16.28%为陆资股东，大股东尚包括SoftBank、Yahoo等，资金组成相当国际化。因此，阿里巴巴以陆资股权占比、陆籍董事人数等，均非最大多数为由，不应认定为陆资，在台分公司并无不法。
虽然阿里巴巴登记在台业务，早已列为台方对大陆开放项目。但台经济部门对阿里巴巴回复不以为然。据称，因为台经济部门探知，阿里巴巴的合伙人制度设计，大股东SoftBank与Yahoo相加持股比将近五成，虽非直接陆资，但应允支持阿里巴巴所提的董事人选，也就是说，SoftBank、Yahoo加上阿里巴巴之持股逾6成，拥有优势表决权，已符合陆资对阿里巴巴公司具控制能力之条件。
据透露，台经济部门已发文要求阿里巴巴必须在上半年补件登记，并符合大陆地区人民来台投资许可办法，重新申请以陆资身份赴台。阿里巴巴正面临三大选择：主动补程序以陆资身份申请赴台、让陆资无公司实质控制权，如果继续相应不理，最快半年会遭撤资。
对此，阿里巴巴集团表示，旗下B2B事业是2008年以新加坡子公司名义，在台湾申请注册。当时新加坡阿里巴巴电子商务股份有限公司是在开曼群岛注册的阿里巴巴网络有限公司的全资子公司，若台湾主管机关认为有需要，阿里巴巴会按规定程序补充数据或进行申请。
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