中国共产党十六届五中全会通过《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》，提出要"建设资源节约型、环境友好型社会"。在建议的第六章第19条明确要求："加大'三河三湖'、三峡库区、长江上游黄河中上游和南水北调水源及沿线等水污染防治力度"。

　　温家宝总理一直强调，必须加强南水北调水源及沿线水污染防治力度，努力把工程沿线打造成"清水走廊"、"绿色走廊"。由半月谈记者蔡玉高、傅丕毅、叶含勇等合作采写的《南水北调污染防治最新调查》一组专题报道，在2005年第8期《半月谈内部版》刊发并经新华网首家转发后，共有230多家媒体转载，南水北调水污染防治引起社会各界高度关注。国务院领导作出批示，南水北调建设委员会办公室派出几路调查组进行治污检查，国家环保总局对此也密切关注。

　　2005年10月29日至31日，中共中央政治局委员、国务院副总理曾培炎来到南水北调东线工程的源头江都水利枢纽，开始对南水北调东线一期工程江苏段建设情况进行为期3天的重点视察。考察期间，曾培炎副总理强调南水北调工程成功的关键是治理污染，要严格遵循"先节水后调水，先治污后通水，先环保后用水"的"三先三后"原则，把节水、治污、生态环境保护与调水工程建设紧密结合起来，为东线一期工程早日达到输水目标创造条件。

　　新华社总编辑南振中最近提出，要根据建设环境友好型社会的精神，对南水北调水源及沿线等水污染防治问题进行专题调研，提出对策建议，防止若干年后出现危及民族生存的难以挽回的重大损失。他认为，这些年，长江、黄河、淮河、海河、太湖、巢湖流域污染现象严重。在西部大开发和经济结构调整过程中，东部沿海地区一些污染比较严重的加工企业，正在向中西部一些省份转移，欠发达省区有可能重走东部地区"先污染后治理"的老路。如果这个发展思路不变，很有可能造成引水工程的全线污染，届时就会形成从南到北的"污水大搬家"。

　　半月谈这组调研稿件关于建立生态补偿机制的呼吁，在"十一五"规划建议第六章第20条中也得到了有力回应："按照谁开发谁保护、谁受益谁补偿的原则，加快建立生态补偿机制"。