刚刚闭幕的中央经济工作会议再次把“深化农村改革，增添发展活力”作为2009年农业农村工作的重点任务之一
过去30年的农村改革取得了极大成功，农村面貌发生了历史性巨变。但也必须看到，在中国经济快速增长、社会结构加快转型、利益格局深刻变化的大背景下，农村改革发展在不少深层次矛盾尚待解决的背景下，又面临着一系列必须引起人们高度重视的新情况新问题，特别是城乡二元结构矛盾突出。
农村发展面临四大深层矛盾
深层矛盾一：农业发展方式依然粗放，保障国家粮食安全和主要农产品供求平衡压力增大。
农业资源与环境约束增强。近10年我国耕地面积减少1.25亿亩，人均耕地面积仅有1.38亩，仅为世界平均水平的40%，人均淡水资源仅为世界平均水平的1/4，耕地减少、水资源匮乏的趋势难以逆转。
农业基础设施薄弱，农业物质技术装备相对落后。还没有从根本上解决靠天吃饭的被动局面。
农业物质投入成本和劳动力成本不断提高，农民种粮比较收益明显下降，远低于种植经济作物和外出打工的收益。
农业生态环境脆弱，农产品质量安全问题突出。
随着我国农业与国际市场联系的日趋加深，农业面对的国际竞争压力全面加大。国际价格传导机制的作用明显增强，国内市场价格受到冲击的压力日益加大。
深层矛盾二：农村经济体制尚不完善，协调工农、城乡利益关系任重道远。
农民进入市场组织化程度低。据不完全统计，我国各类农民专业合作组织有15万多个，加入农民专业合作组织的农户成员占全国农户总数的13.8%。迄今为止，真正代表农民利益的新型合作经济组织发挥的作用还不够，普遍存在规模不大、管理制度不健全、改组解体过于频繁等问题。
农民土地权益缺乏有效保障。侵犯农民土地权益的现象还大量存在。根据对全国2749个村庄的调查表明，村民上访反映最集中的问题是土地问题，因承包地流转问题引发的上访占26%，因土地征收、征用问题上访的占40%，合计为66%。在现行征地制度下，土地收益分配明显是向城市、向非农部门倾斜，农民得到的太少。对分布在四个省市1000多个被征地农户的调查显示，征地补偿费一般只够维持被征地农民6～7年的基本生活。
农业支持和保护水平低，与财力增长状况不相匹配。统计数据显示，财政支农资金占中央财政收入的比重，“六五”时期为8.69%，“七五”时期为9.38%，“八五”为9.75%，“九五”为9.29%，“十五”期间约为7.4%，2006年为7.85%，总体上处于波动和下降状态。
从最近几年财政支农资金的支出结构来看，对农田水利的投入总体呈下滑趋势，农田水利设施建设严重滞后；对农业科研和科技推广服务的投入很低，农业科技支撑不足，农业科技成果到户困难；动植物防疫体系不健全，基层防疫力量相当薄弱，政策性农业保险制度还处于探索阶段。
财政支农资金呈现被层层分割，“天女散花”局面，资金使用分散现象比较严重，直接影响了投入效率。
农村金融改革明显滞后。农村金融体系不完善。表现为农业银行作为农村金融体系中的骨干和支柱，在为农服务方面发挥的作用不够；农业发展银行功能单一，农村政策金融功能不健全，农业中长期政策性信贷投入严重不足；农村信用社发展不平衡，法人治理有效性不足、内部控制和风险防控能力薄弱等问题仍然突出，一些信用社脱农倾向明显；邮政储蓄功能单一，吸收的存款极少用于支持农村等。
农村金融产品和服务方式不适合农村特点。现有的各类小额信贷机构资金来源有限，可持续性差；大量缺乏抵押品又难以找到担保方的小型、微型企业和农户的资金需求问题没有得到有效解决。
公共财政覆盖农村范围有限。农村行路难、饮水不安全、供水难、环境污染难治理等问题仍然突出。城乡教育资源差距大，基本医疗服务城乡差距过大。农村社会养老保险、医疗保险、最低生活保障以及失地农民社保、农民工社保等社会保障体系还很不健全。
城乡劳动者平等的就业制度尚未形成。城乡劳动者同工不同酬，农民工工资长期偏低。农民工超时间劳动比较普遍，户籍制度成为农民工谋求机会公平、待遇平等、权益保障和融入城市社会的最大障碍。
深层矛盾三：农民持续增收困难，缩小城乡居民收入差距前景堪忧。
城乡居民收入差距持续扩大，不仅成为“三农”问题的主要症结，而且成为国民经济增长的重要制约，到2020年农民人均纯收入要实现比2008年翻一番的目标，今后12年年均增长速度必须保持在5.95%以上。从过去30年农民收入增长的经验看，这是一个需要付出较大努力才能实现的目标。如果今后国民经济出现较大波动，农民增收出现徘徊甚至滑坡，农民人均纯收入翻一番的目标就有可能落空。
深层矛盾四：农村社会不平等程度加深，兼顾各方利益和搞好社会管理难度加大。
农民利益诉求表达渠道不畅。农民缺乏自己的利益代表人，利益表达渠道不畅。
农村社会组织发育和作用发挥不足。农村社会组织力量过于弱小，社会参与力弱，发挥作用的制度空间狭小。
