华国锋极想尽早让大会按照他的3项议题的轨道“运行”，所以在陈云发言后的翌日――11月13日，华国锋要求会议转入农业问题的讨论，并由纪登奎在大会上对两个农业文件进行了说明。可是，会议并没有被华国锋“纳入”轨道，各组在讨论时，纷纷对陈云的讲话做出强烈反响，打乱了华国锋的部署。东北组对陈云的讲话普遍支持，这是因为在东北三省中黑龙江和辽宁在真理标准问题大讨论中是冲在最前面的省份之一，而吉林则是邓小平在前不久作了重要谈话的省份。

　　陈云再次提出要为“天安门事件”平反，一呼百应，在会上形成了一股强大的声势。邓小平、叶剑英、李先念等都坚决支持陈云的发言。这样，华国锋不得不表示接受党内压倒多数的意见，为“天安门事件”平反。

　　11月14日，经中共中央政治局常委批准，中共北京市委郑重宣布：“1976年清明节，广大群众到天安门广场沉痛悼念敬爱的周恩来总理，愤怒声讨‘四人帮’，完全是革命行动。因参加此事件而被捕的338人中没有一个人是反革命。对于因悼念周恩来、反对‘四人帮’而受到迫害的同志，一律平反，恢复名誉。”

　　根据与会同志的愿望和提出的意见，中央政治局常委作了认真研究。11月25日，中央工作会议召开全体会议，华国锋代表中央政治局在会上正式宣布：“天安门事件”完全是革命的群众运动，为“天安门事件”公开彻底平反；反击右倾翻案风是错误的，有关反击右倾翻案风的文件全部予以撤销。因所谓“二月逆流”一案受冤屈的所有同志，一律恢复名誉，受牵连和处分的人，一律平反；薄一波等61人的问题是一重大错案，予以平反；彭德怀、陶铸对党和人民有重大贡献，予以平反；为杨尚昆平反，重新分配工作；康生、谢富治有很大民愤，对他们进行批判是合理的……

　　会议进行到11月下旬，华国锋建议，从27日起会议转入对1979年、1980年两年国民经济计划和李先念在国务院务虚会上的讲话的讨论。但是，尽管重大的历史遗留问题基本解决了，可是党在指导思想方面的问题并没有得到充分的检讨，如何保证经济工作有一个正确的指导思想，与会同志还是耿耿于怀的。