“保护是为了将来可持续利用。我国以前治水没有从流域和生态系统的视角全局考虑。”中科院生态环境研究中心王如松认为，“休养生息”是休息、涵养、恢复、投入和善待自然的活动，让负担沉重的水体得到休息。实施让江河湖泊休养生息的政策措施，目的就在于“与水休息”，从根本上防治重点流域水污染。
在休养生息崭新思路的指导下，环保部门给予江河湖泊以人文关怀，通过不断减轻江河湖泊的污染负荷，改善环境质量，恢复生态平衡，重现江河湖泊的生命活力。这是综合运用经济社会发展规律和自然规律指导环境保护工作的重要体现，是人与自然和谐的理念在更高层次上的重要体现。
预防为主 源头治理，多管齐下推进重点流域水污染防治
还生机于江河，与湖泊以休息，在水污染防治工作中，我国有关部门和地方政府努力探索中国特色环境保护道路，注重预防为主、源头治理。
——健全完善重点流域水污染防治机制
近年来，松花江、丹江口库区、三峡库区、淮河、海河、辽河、黄河中上游、滇池、巢湖流域水污染防治规划和太湖流域水环境综合治理总体方案陆续出台。
中央财政设立了“三河三湖”及松花江流域水污染治理专项资金，2007、2008年分别安排专项资金50亿元。国务院出台了扩大内需的10项措施，其中对重点流域水污染防治工作予以了重点支持。银行信贷支持力度不断加大，“十一五”前3年国家开发银行在淮河、太湖、三峡库区及上游等8个流域累计发放贷款128.8亿元支持流域污染防治工作。
同时，在签订污染减排目标责任书，实行目标考核责任制的基础上，去年底，国务院批转主要污染物总量减排统计、监测、考核办法，将污染减排完成情况纳入各地经济社会发展综合评价体系，作为地方各级政府领导干部综合考评和企业负责人业绩考核的重要内容。
——推动城镇污水处理设施建设和运营
中央财政设立了城镇污水处理设施及配套管网“以奖代补”专项资金，2007、2008年分别安排“以奖代补”资金65亿元和70亿元。截至2008年底，全国设市城市、县及部分重点建制镇共建成污水处理厂1459座，日处理能力8553万吨，分别比“十五”末期增加了60.5%和42.6%。
