抗战爆发后，饶漱石回到延安，担任中共中央华侨工作委员会负责人。同年夏，饶漱石担任中共中央东南局副书记，在皖南新四军军部与项英、曾山一道领导东南局工作。

　　饶漱石到东南局后，很快在一些重要问题上与新四军主要负责人项英有了分歧。项英在新四军内部威望很高，他是中共中央政治局委员，中共六届五中全会上选举出来的中央书记处书记，老资格的工运领袖。项英强调皖南有其特殊性，反对把华北的经验照搬到皖南来，饶漱石与之发生争执，用饶自己的话说就是“闹了四五个钟头”。此后，项英对人说：“他(饶漱石——引者注)是抗战以后才从国外回来的，他对中国情形不懂得。”项英不让饶漱石参加有关会议。关于项英的“家长制作风”，东南局副书记曾山在1941年5月17日华中局高级干部会议上检讨皖南事变报告中如此谈及：“项英常常对一个同志不满，即可以一个电报叫他滚蛋……当时我在东南局是副书记，但项英不以副书记对待。”曾山曾经准备把他与项英之间的分歧向中央报告，“电报未发完，项英知道有问题，就把译电员撤了，后来我要求去参加党的七大的电报也发不出去”。(中共江西省委党史研究室《曾山传》，江西人民出版社1999年版)当饶漱石的电报送达中央以后，中央要求项英把皖南所有的情况知会饶漱石，指示增补饶漱石为中央军事委员会新四军分会委员，但项英“依然我行我素”。(中共党史人物研究会主编《中共党史人物传》第81卷，《饶漱石》词条，中央文献出版社2002年版)

　　1941年1月，震惊中外的“皖南事变”爆发，在危急关头召开的军部会议却没有通知饶漱石参加。饶气愤之极，冲到会场质问主持人：“我要知道你们的计划，我相信你们的行动对我没有什么秘密。我是军分会的一个委员，我要参加你们的讨论，我也许有些意见可以贡献，因为你们的行动已经超过常识了。”1月9日，新四军军长叶挺突然发现项英、袁国平、周子昆等人不见了，马上去找饶漱石，向他通报了这一情况。项英的不辞而别，令饶漱石等人大感意外，叶挺说：“所谓新四军的创造者都走了，政治上我不能解释，我很气愤。”(饶漱石1941年5月18日在华中局高干会议上的副报告，转引自童志强《饶漱石和新四军》，《抗日战争研究》1999年第2期)饶漱石即召集领导干部开会，当场亮明了自己的东南局副书记和新四军分会委员的身份，并给中共中央及中原局发电报表态：“我为全体安全计，决维持到底。”中原局书记刘少奇复电称：“望你们极力支持，挽救危局。”1月12日，毛泽东电告新四军：“中央决定一切军事、政治行动均由叶军长、饶漱石二人负总责。”1月14日，叶挺下山谈判被国民党军扣押。

　　1941年1月16日，饶漱石被捕，但很快脱险并与中共中央南方局取得联系。1941年3月8日饶漱石向中共中央报告了他和叶挺突围的情况以及自己脱险的经历：“子铣日(16日)深夜派卫士下山收买一连长成功，筱日(17日)晨由其代办便衣通行证等，经沿途重重阻难而终脱离虎口。”在这份报告中，饶漱石并没有完全说实话。事实是，饶漱石在被捕时诡称自己是美国华侨，投身抗日，在新四军内部工作仅几个月。他收买了国民党军的一个连长，住了一晚上。这位名叫叶正顺的连长还做了一顿饭给饶漱石吃，并且安排由排长陪他办理路条，护送出警戒线。1955年公安机关专案调查时找到了叶正顺本人，把饶漱石被捕以后的事情搞清楚了。但是，公安机关的调查也证明了一点，即饶漱石在被捕以后没有叛变或出卖同志。

　　1942年9月26日，中共中央书记处工作会议同意刘少奇回延安休养，刘少奇离开期间，由饶漱石代理中共中央华中局书记和新四军政治委员职务。在新四军、华中局共事期间，刘少奇、饶漱石的合作还是比较愉快的。1941年刘少奇与王前结婚时，还专门邀请了饶漱石、陆璀参加。据杨尚昆回忆，刘少奇还曾经称赞饶漱石是“优秀的青年革命家”(杨尚昆《回忆高饶事件》，《党的文献》2001年第1期)不过，对于刘少奇、饶漱石的关系，王光美生前接受访谈时曾经如此表述：“这里我想顺便说一下少奇同志和饶漱石的关系。在一些人心目中有一个印象，就是饶漱石是少奇同志提拔起来的，甚至是破格提拔的。还有人认为1942年少奇同志离开华中调中央工作，让饶漱石而不是让陈毅同志代理华中局书记，这个安排有点问题。我认为这是对少奇同志的误解。”(黄峥《王光美访谈录》，中央文献出版社2006年版)

　　饶漱石在代理华中局书记和新四军政治委员以后，与陈毅的关系变得微妙起来，终于上演了一幕历史上扑朔迷离的“黄花塘事件”。