根据最高人民法院执行死刑的命令，石家庄市中级人民法院于11月24日对“三鹿”刑事犯罪案犯张玉军、耿金平执行死刑。
河北省石家市中级人民法院于2009年1月21日作出刑事判决，认定被告人张玉军犯以危险方法危害公共安全罪，判处死刑，剥夺政治权利终身；认定被告人耿金平犯生产、销售有毒食品罪，判处死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。宣判后，张玉军、耿金平提出上诉。河北省高级人民法院经依法开庭审理，于2009年3月26日裁定驳回张玉军、耿金平上诉，维持原判，并依法报请最高人民法院核准。
最高人民法院经复核确认：2007年7月，被告人张玉军明知三聚氰胺是化工产品、不能供人食用，人一旦食用会对身体健康、生命安全造成严重损害的情况下，以三聚氰胺和麦芽糊精为原料，在河北省曲周县河南瞳镇第二瞳村，配制出专供在原奶中添加、以提高原奶蛋白检测含量的含有三聚氰胺的混合物(俗称“蛋白粉”)。后张玉军将生产场所转移至山东省济南市市中区党家庄村，购买了搅拌机、封口机等生产工具，购买了编织袋，定制了不干胶胶条，陆续购进三聚氰胺192.6吨、麦芽糊精583吨，雇佣工人大批量生产“蛋白粉”。至2008年8月，张玉军累计生产“蛋白粉”770余吨，并以每吨8000元至12000余元不等的价格销售给张彦章(同案被告人，已判刑)及黄瑞康、张树河、刘继安、周全彬(均另案处理)等人，累计销售600余吨，销售金额6 832 120元。
在此期间，张玉军生产、销售，张彦章销售的“蛋白粉”又经赵怀玉、黄瑞康等人分销到石家庄、唐山、邢台、张家口等地的奶厅(站)，被某些奶厅(站)经营者添加到原奶中，销售给石家庄三鹿集团股份有限公司(以下简称三鹿集团)等奶制品生产企业。三鹿集团等奶制品生产企业使用含有三聚氰胺的原奶生产的婴幼儿奶粉等奶制品流入全国市场后，对广大消费者特别是婴幼儿的身体健康、生命安全造成了严重损害，导致全国众多婴幼儿因食用含三聚氰胺的婴幼儿奶粉引发泌尿系统疾患，多名婴幼儿死亡。国家投入巨额资金用于患病婴幼儿的检查和治疗，众多奶制品企业和奶农的正常生产、经营受到重大影响，经济损失巨大。
最高人民法院认为，被告人张玉军为谋求非法利益，置广大人民群众的身体健康、生命和财产安全于不顾，大量生产、销售专供往原奶中添加的含三聚氰胺的混合物即“蛋白粉”，经逐级分销后被添加到原奶中，奶制品生产企业使用被添加含有三聚氰胺混合物的原奶生产的婴幼儿奶粉等奶制品流入市场后，对广大消费者特别是婴幼儿的身体健康造成严重损害，导致众多婴幼儿因食用遭受三聚氰胺严重污染的婴幼儿配方奶粉引发泌尿系统疾患，造成多名婴幼儿致病死亡，并致使公私财产遭受了重大损失，其行为构成以危险方法危害公共安全罪。张玉军犯罪情节极为严重，犯罪手段极其恶劣，社会危害性极大，应依法惩处。第一审判决、第二审裁定认定的事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，量刑适当。审判程序合法。依照《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十九条和《最高人民法院关于复核死刑案件若干问题的规定》第二条第一款的规定，最高人民法院裁定核准河北省高级人民法院维持第一审以以危险方法危害公共安全罪判处被告人张玉军死刑，剥夺政治权利终身的刑事裁定。
最高人民法院经复核确认：被告人耿金平在河北省正定县南楼乡东宿村经营正定县金河奶源基地，从事鲜奶收购和销售。为牟取非法利益，耿金平伙同其弟耿金珠(同案被告人，已判刑)自2007年10月开始从正定县赵志超(另案处理)处和行唐县赵军花(另案处理)的化工试剂门市部，多次购买含有三聚氰胺的混合物(俗称“蛋白粉”)18袋，每袋20公斤。共计560公斤。2007年10月至2008年8月，耿金平在明知该混合物为非食品原料、不能供人食用的情况下，多次按每1000公斤原奶添加0.5公斤该混合物的比例，将含有三聚氰胺的该混合物约434公斤添加到其收购的90余万公斤原奶中，销售到石家庄三鹿集团股份有限公司等处，销售金额280余万元。耿金平将含有三聚氰胺混合物的原奶销售给石家庄三鹿集团股份有限公司，该公司生产的含有三聚氰胺的婴幼儿奶粉等奶制品流入市场后，给婴幼儿的身体健康及生命安全造成严重损害。全国已有多名婴幼儿因食用含有三聚氰胺的三鹿牌婴幼儿配方奶粉死亡、众多婴幼儿住院进行手术或治疗。
最高人民法院认为，被告人耿金平明知含有三聚氰胺的混合物是非食品原料，而多次、大量进行购买，并添加到其所收购的原奶中，销售给石家庄三鹿集团股份有限公司等处，其行为已构成生产、销售有毒食品罪。三鹿集团股份有限公司以耿金平交售的原奶为原料生产的含有三聚氰胺的婴幼儿奶粉等奶制品流入市场后，给婴幼儿的身体健康及生命安全造成严重损害，全国已有多名婴幼儿因食用含有三聚氰胺的三鹿牌婴幼儿配方奶粉死亡、众多婴幼儿住院进行手术或治疗，危害后果特别严重。耿金平在共同犯罪中系主犯，犯罪情节、后果均特别严重，亦无法定、酌定从轻的情节。第一审判决、第二审裁定认定的事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，量刑适当。审判程序合法。依照《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十九条和《最高人民法院关于复核死刑案件若干问题的规定》第二条第一款的规定，最高人民法院裁定核准河北省高级人民法院维持第一审以生产、销售有毒食品罪判处被告人耿金平死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人财产的刑事裁定。
