1927年11月25日深夜(实际是26日凌晨)2时半，守灵人员秘密地将孙中山的遗体从楠木棺(即“第三棺”)移入美式棺(即“第一棺”)，用棉花药水包裹防腐，藏到碧云寺内东侧水泉院的山洞内，以防不测。这是孙中山遗体的第三殓。

　　1928年初夏，张作霖败退东北，于6月4日在皇姑屯被日本人炸死；6月7日，守灵人员将孙中山遗体重新移回楠木棺(即“第三棺”)。这是孙中山遗体的第四殓。

　　如果仔细琢磨，这段“史实”似有许多疑点。

　　其中最重要的一点是：使用福尔马林保存遗体，不仅需要特殊材质的容器，还得由专业医务人员配置操作才行。这样的工作，是军人出身的守灵人员所难以完成的。更不必说“用棉花药水包裹防腐”了──如此处理方式，遗体难免会接触空气，怎能保持原样？

　　在奉安大典完成后出版的《总理奉安实录》一书和2001年8月出版的《香山公园志》中，均没有关于孙中山遗体移藏水泉院的记载。作者曾与香山公园有关人士探讨当年守灵人员移灵的情况，他认为不太可能。别的不说，仅看水泉院的那个山洞，虽环境幽静，却并不深邃，即使勉强移灵，把遗体藏在与金刚宝座塔这么近的地方，不但未必隐蔽，反倒有欲盖弥彰之嫌。“移灵”一说，也许是守灵卫士无奈之中想出的计策：故意散布传言，让人以为孙中山的遗体已经不在碧云寺了，以此转移视线。

　　当然，这些只是推测。毕竟时隔80多年，历史的真相难免益显模糊了。

　　1929年5月，南京政府正式拉开奉安大典的帷幕。5月20日下午2时，孙科与协和医院的史蒂芬医生来到碧云寺，在守灵人员协助下，将中式楠木棺(即“第三棺”)内的防腐液放净(有关资料记为“保护油”，这一细节表明，孙中山的遗体是浸在棺中的防腐液即“保护油”里的)，史蒂芬将遗体揩净后用白色绷带包裹周身，然后移入美式沉香木棺(即“第一棺”)，暂时重新放回石龛之内。这是“第五殓”。

　　22日晨7时，迎榇专员指挥守灵卫士将灵榇移到金刚宝座塔前下方的普明妙觉殿。8时许，宋庆龄等人赶到，由史蒂芬医生及助手、护士将遗体以白绸裹缚，并为孙中山理发、更衣。原来是准备穿中山装的──这是最恰当的方案，但医生比较有经验，说人的遗体长度比生前要缩短好多，中山装需要身架雄伟，并不适用。所以，最终是仿照回教葬礼的方式，内裹白绫、外着长袍马褂。

　　更衣完毕，在宋庆龄等家属的守视下，由孙科等人将遗体移入另一具新棺──特制的美式铜棺。这具棺椁是1925年决定将孙中山土葬之后，治丧处特地向美国订购的，早在1925年8月便已运抵上海，存放在香山路孙中山故居内；1927年5月转运至南京；1928年12月运抵北平。此为孙中山遗体的第六殓、“第四棺”。

　　11天后，这具承载孙中山遗体的铜棺安置于南京中山陵。