162座“问题水库”正在整修重建 抗震救灾资金物资使用出台570多项制度
审计发现了病险水库除险加固工程中的不少问题。针对这些问题，水利部通过多种方式督促有关地方、部门和单位进行整改，通报批评了问题严重的部分项目单位。对延长工期的问题，有关单位采取措施加快了工程建设进度，截至2009年10月底，列入全国病险水库除险加固3年目标任务的6000多座水库，除个别大型水库需按计划跨年度施工外，其他项目可在2010年底前完工；对162座因擅自减少或变更部分主体工程等存在质量缺陷或安全隐患的水库，有关地方政府已整修或重建了127座，其余在2010年汛期到来前可全部完成整修或重建工作；对一些水库除险加固工程建设和财务管理比较混乱的问题，相关地方和单位已收回被侵占、出借或挪用的资金1.68亿元，处理责任人67人。
针对汶川地震抗震救灾资金和物资跟踪审计查出的问题，审计机关和各部门及相关地方政府紧密配合，坚持边审计、边整改、边规范、边提高的原则，全部整改了审计指出的问题。有关方面根据审计建议，出台了570多项制度规定。
近4亿元违规择校费等被退还或上缴 挪用支农资金建房买车问题全获纠正
违规择校费、违规使用支农资金、违规享受种粮补贴……针对审计报告列出的重点资金审计查出的问题，各有关部门也都采取了整改措施，并取得成效。
针对城市基础教育经费审计调查发现的问题，教育部、财政部联合要求加强全国城市基础教育财务管理工作和制度建设。19个城市通报了审计调查情况，有针对性地制定和完善了一系列规章制度。有的地区还对审计调查未涉及的中小学校进行了全面检查，建立了整改工作督查制度。
截至2009年10月底，违规收取的择校等费用已退还学生或上缴财政3.84亿元，占审计调查发现此类违规资金总额的76%；违规统筹和挤占挪用资金已归还原渠道10.93亿元，占审计调查发现此类违规资金总额的60%；滞留资金已安排使用19.11亿元，占审计调查发现此类违规资金总额的78%；化解学校债务7.86亿元，占审计调查发现此类违规资金总额的37%。
针对财政支农资金审计调查发现的问题，发展改革委、财政部等部门认真研究完善政策制度，督促地方整改。截至2009年10月底，违规使用的26.93亿元支农资金，已整改26.37亿元，占违规资金总额的98%，其中挪用5837.4万元建房买车的问题已全部纠正。
