1970年6月至1987年7月,钱学森同志先后担任国防科学技术委员会副主任、国防科工委科学技术委员会副主任。他全身心投入国防科学技术领导工作,参与组织实施我国导弹航天技术领域重大型号研制和发射试验,并开始从更高层次思考其他领域诸多重大科学和技术问题,提出了许多创新、超前的思想。1971年3月,组织完成“实践一号”卫星发射试验,首次获得我国空间环境探测数据,为我国研制应用卫星、通信卫星积累了经验。1972年至1976年,在“四人帮”干扰破坏十分严重的情况下,钱学森同志参与组织领导了运载火箭和洲际导弹研制工作,提出了建立导弹航天测控网概念;领导设计制造了我国第一艘核动力潜艇;组织启动了远洋测量船基地建设工程;指挥成功发射了我国第一颗返回式卫星,使我国成为继美国、前苏联之后第三个掌握卫星回收技术的国家。
进入改革开放新时期,钱学森同志先后于1980年5月、1982年10月、1984年4月参与组织领导了我国洲际导弹第一次全程飞行、潜艇水下发射导弹和地球静止轨道试验通信卫星发射任务,为实现我国国防尖端技术的新突破建立了卓越功勋。他潜心研究的工程控制论、系统工程理论,广泛应用于军事、农业、林业乃至社会经济各个领域的实践活动,在我国现代化建设中发挥了重要作用。他敏锐把握信息技术对人类社会发展的深远影响,积极倡导信息技术研究应用和信息产业发展,为推动军队信息化建设作出了重要贡献。
1980年至1991年,钱学森同志先后担任中国科学技术协会副主席、主席,1991年5月担任中国科学技术协会名誉主席。其间,他积极践行科学技术是第一生产力的战略思想,开创、推动面向企业的“讲理想、比贡献”竞赛活动,引导企业科技工作者把振兴中华的理想与企业发展目标和个人理想有机结合起来,促进群众性技术创新活动蓬勃开展;积极推动科技兴农活动,倡导发展沙草产业,支持开展多种形式的送科技下乡活动,帮助农民依靠科学技术脱贫致富;倡议设立“中国科协青年科技奖”(1994年更名为“中国青年科技奖”),促进优秀青年科技人才脱颖而出,培养造就了一批优秀的青年学术和技术带头人;他主持成立中国科学技术讲学团,倡导学科交叉融合,促进自然科学与社会科学联盟,支持编纂出版《中国科学技术专家传略》,充分发挥科协组织在社会主义精神文明建设中的重要作用。他高度重视科协工作的理论研究,推动理顺科协管理体制,加强科协工作制度化规范化建设,为发挥好科协组织横向联系广泛、组织网络健全的独特优势,促进科学技术的繁荣发展和普及推广、促进科技人才的成长和提高,作出了突出贡献。他始终不辍耕耘,科学思想活跃,驰骋在自然科学领域,同时对社会科学研究也投入了很大精力。他深入学习和研究马克思主义哲学,并用以指导研究工作,在自然科学与社会科学的结合点上,诸如系统工程与系统科学、思维科学、科学技术体系与马克思主义哲学等研究领域,作出了许多开创性贡献。