在这次会议上,为了提高部队的机动性和战斗力,红3军军长彭德怀根据形势和战略方针的变化,提出了改变部队编制的建议:“团不设营,每团4个步兵连,一个重机枪班。团以上不设师,直属军,军改为纵队。上层机关尽量缩小,政治部不要超过60人,司令部缩小到130人。”会议采纳了彭德怀的建议,作出了将北上红军整编为中国工农红军陕甘支队(即北上抗日先遣队)的决定,并任命彭德怀为司令员,毛泽东为政治委员,林彪为副司令员,王稼祥为政治部主任,杨尚昆为政治部副主任。会议还决定成立编制委员会,负责部队的整编工作。

　　彭德怀为什么会提出把自己辛辛苦苦带出来的部队整编掉呢?在《彭德怀自述》中是这样记载的:“在哈达铺约休息了四五天,从报纸上看到陕北有刘志丹苏区根据地,很高兴。从哈达铺到保安县,还有千余里,要经过六盘山山脉。那时干部和战士真是骨瘦如柴,每天行军,还少不了百八十里。沿途还必须战胜敌军阻击,尤其是敌骑袭击。为了充实战斗单位,准备继续战斗,部队需要缩编;为了保存干部,发展新区,也必须缩编——取消三军团,编入一军团。我这提议得到军委毛主席同意。”

　　9月20日,部队全部到达哈达铺休整。期间,部队进行了整编。按照俄界会议精神,中央于22日在关帝庙召开了团以上干部会议,正式宣布红一方面军改称中国工农红军陕甘支队,下辖3个纵队。第1纵队以红1军为基础共编5个大队,把红3军13团编入第1纵队;1纵队司令员林彪,政委聂荣臻,参谋长左权,政治部主任朱瑞。第2纵队以由红3军团组成的红3军为基础,编3个大队,司令员彭德怀(10月由彭雪枫接任),政治委员李富春,副司令员刘亚楼,参谋长肖劲光,政治部主任袁国平(后为罗瑞卿);第10大队(原红10团)大队长黄珍,政委杨勇;第11大队(原红11团)大队长和政委仍是邓国清和王平;第12大队(原红12团)大队长文年生,政委苏振华。军委直属队编为第3纵队,司令员叶剑英,政委邓发。

　　命令宣布之后,彭德怀在离开红3军时召开了团以上干部会,在会上讲话很激动,讲着讲着眼泪就掉了下来。他首先说明了缩编和取消3军团番号的理由,接着谈了对这支部队的感情,不过他是以自我批评的方式说出来的。据王平上将回忆,彭德怀说:“我的脾气不好,骂过许多人,请同志们批评和谅解。不过我过去对你们这些团以上干部要求很严格,有时甚至苛刻一点,这都是对你们的爱护;否则,有的同志可能活不到今天,这也可以说是‘骂’出来的吧!”对于这支带起来的部队,彭德怀还是充满了信心,他说:“红3军团从第一次反‘围剿’时的几万人,至今天长征到甘南,只剩下两千多人,让错误路线快折腾光了。今天剩下的这点人,都是精华,是中国革命的骨干和希望。你们一定要再接再厉,争取全国革命的胜利。”彭德怀的讲话,使大家对他更加敬重。但是因为时间仓促,没有很好地展开讨论,这为后面留下了一个巨大的阴影。

　　1935年11月3日,苏维埃中央政府决定成立中国工农红军西北革命军事委员会,任命毛泽东为主席,周恩来、彭德怀为副主席。同日,西北革命军事委员会决定,恢复中国工农红军第一方面军番号,下辖红1、红15两个军团,方面军司令员彭德怀,政委毛泽东,参谋长叶剑英,副参谋长张云逸,政治部主任王稼祥,政治部副主任杨尚昆。陕甘支队整编为红1军团,军团长林彪,政委聂荣臻。军团下辖3个师,1师师长陈赓;2师师长刘亚楼;原3军团的部队编为红4师,师长陈光,政治委员彭雪枫,参谋长陈士榘,政治部主任舒同。第10、第11、12、13大队分别编为3个团,红10团团长肖桂,政委杨勇;红11团长邓国清,政委王平;红12团团长文年生,政委苏振华。军团还直属两个独立团,由陕北红军和13大队编成。这次整编以后,再也没有再恢复红3军团番号。