根据北京大学C14同位素测年，成人头骨为6200年前的测定结论，以及明代当地人的墨书题记，日前在山西吉县人祖山娲皇宫女娲塑像下发现的“皇帝遗骨”，可能属于传说中史前“三皇时代”的“娲皇”遗骨。
这是近日国家文物局原副局长张柏、故宫博物院副院长李文儒等23位考古、历史、神话、民俗专家考察人祖山后形成的共识。
人祖山位于黄河中游，据不完全统计，山中历代庙宇约达200处，其中最负盛名的是建有“娲皇宫”和“伏羲皇帝正庙”的人祖庙。
早在1984年，娲皇宫遭人破坏时，考古工作者就在女娲塑像下发现遗骨，包以黄绫，盛于木函。“木函”墨书写道：“大明正德十五年(1520年)，天火烧了金山寺，皇帝遗骨流在此，十六年上梁立木。……皇帝遗骨先人流下”。明代人的墨书记载把该人骨称为“皇帝遗骨”。
从2011年8月13日至10月9日，考古工作者对人祖庙进行了“抢救性”整理，发现战国、汉唐、宋元、明清、民国时代遗物291件(套)，并在娲皇宫积土中找到人头骨、木函残片和距今2100-900年曾作祭品的动物骨头。这是中国目前发现最早祭祀女娲的考古遗迹。
专家认为，在漫长的母系社会中，女娲首先是原始氏族的名号，同时也成为氏族首领的名字，不会只是一个女娲，会有一代又一代的女娲产生。木函题记中“皇帝”之说，可能是某代或最后一代女娲，是后人对母系社会首领女娲崇高地位的追称。因此，这个遗骨无疑是明朝人认为的“娲皇”遗骨。
“皇帝遗骨”及其他考古发现，为中华文明探源工程填补了上古无文字记载的历史断层，说明山西吉县人祖山是中华文明的主要起源地之一，为吉县人祖山区域是中华婚育文明、农耕文明、八卦和古代历法起源地之说提供了实物佐证。
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