1998年3月10日，九届全国人大一次会议批准了《国务院机构改革方案》。按照改革方案，宏观调控部门，主要是将国家计委更名为国家发展计划委员会，国家经济体制改革委员会改为国务院高层次的议事机构，不再列入国务院组成部门序列；专业经济管理部门，组建信息产业部，组建新的国防科工委，将煤炭、冶金、机械等9个工业部先改成国家经贸委管理的国家局（2000年全部撤销）；将国家科委更名为科技部，国家教委更名为教育部，组建劳动和社会保障部，组建国土资源部。这次国务院机构改革提出了机关行政编制要精简50％的要求，是历次机构改革人员精简力度最大的一次。

按照国务院部署，各部门抓紧研究制定定职能、定机构、定编制的“三定”规定。在3个月内，国务院51个部委、直属机构、办事机构和19个部委管理的国家局的“三定”规定先后审议批准、陆续下达并组织实施。经过改革，国务院组成部门由40个精简为29个。移交给企业、社会中介机构和地方的职能100多项；部门内设机构减少200多个，精简了四分之一，改革后行政编制由原来的3.23万名减至1.67万名，精简了47.5%，分流干部的安置工作顺利进行。