第四十一条南水北调工程管理单位应当在工程沿线路口、村庄等地段设置安全警示标志；有关地方人民政府主管部门应当按照有关规定，在交叉桥梁入口处设置限制质量、轴重、速度、高度、宽度等标志，并采取相应的工程防范措施。
第四十二条禁止危害南水北调工程设施的下列行为：
(一)侵占、损毁输水河道(渠道、管道)、水库、堤防、护岸；
(二)在地下输水管道、堤坝上方地面种植深根植物或者修建鱼池等储水设施、堆放超重物品；
(三)移动、覆盖、涂改、损毁标志物；
(四)侵占、损毁或者擅自使用、操作专用输电线路设施、专用通信线路、闸门等设施；
(五)侵占、损毁交通、通信、水文水质监测等其他设施。
禁止擅自从南水北调工程取用水资源。
第四十三条禁止在南水北调工程保护范围内实施影响工程运行、危害工程安全和供水安全的爆破、打井、采矿、取土、采石、采砂、钻探、建房、建坟、挖塘、挖沟等行为。
第四十四条在南水北调工程管理范围和保护范围内建设桥梁、码头、公路、铁路、地铁、船闸、管道、缆线、取水、排水等工程设施，按照国家规定的基本建设程序报请审批、核准时，审批、核准单位应当征求南水北调工程管理单位对拟建工程设施建设方案的意见。
前款规定的建设项目在施工、维护、检修前，应当通报南水北调工程管理单位，施工、维护、检修过程中不得影响南水北调工程设施安全和正常运行。
第四十五条在汛期，南水北调工程管理单位应当加强巡查，发现险情立即采取抢修等措施，并及时向有关防汛抗旱指挥机构报告。
第四十六条南水北调工程管理单位应当加强南水北调工程设施的安全保护，制定安全保护方案，建立健全安全保护责任制，加强安全保护设施的建设、维护，落实治安防范措施，及时排除隐患。
南水北调工程重要水域、重要设施需要派出中国人民武装警察部队守卫或者抢险救援的，依照《中华人民共和国人民武装警察法》和国务院、中央军事委员会的有关规定执行。
第四十七条在紧急情况下，南水北调工程管理单位因工程抢修需要取土占地或者使用有关设施的，有关单位和个人应当予以配合。南水北调工程管理单位应当于事后恢复原状；造成损失的，应当依法予以补偿。
第六章法律责任
第四十八条行政机关及其工作人员违反本条例规定，有下列行为之一的，由主管机关或者监察机关责令改正；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分；直接负责的主管人员和其他直接责任人员构成犯罪的，依法追究刑事责任：
(一)不及时制订下达或者不执行年度水量调度计划的；
(二)不编制或者不执行水量调度应急预案的；
(三)不编制或者不执行南水北调工程受水区地下水限制开采方案的；
(四)不履行水量、水质监测职责的；
(五)不履行本条例规定的其他职责的。
第四十九条南水北调工程管理单位及其工作人员违反本条例规定，有下列行为之一的，由主管机关或者监察机关责令改正；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分；直接负责的主管人员和其他直接责任人员构成犯罪的，依法追究刑事责任：
(一)虚假填报或者篡改工程运行情况等资料的；
(二)不执行年度水量调度计划或者水量调度应急预案的；
(三)不及时制订或者不执行月水量调度方案的；
(四)对工程设施疏于监测、检查、巡查、维修、养护，不落实安全生产责任制，影响工程安全、供水安全的；
(五)不履行本条例规定的其他职责的。
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