根据飞航安全调查委员会官方网站数据显示，复兴航空从2002年9月5日至2013年7月1日，共发生8次事故。
1、2002年12月21日，也曾发生复兴航空公司GE791班机于澎湖县马公市外海坠海事故，事故类型是结冰;复兴航空公司GE791货机，机型ATR-72，登记号码B-22708，当地时间上午01： 05由中正国际机场起飞，目的地为澳门国际机场。该机于01：52，约在马公西南27公里处，自台北区域管制中心雷达幕消失，航程时间47分钟。该机累积飞行时间为19,254小时，落地次数为25,529次。该机飘浮残骸破片于当日下午在失事海域发现。
2、2002年9月5日，复兴航空公司GE517班机，国籍注册号码B-22810，机型ATR-72，起飞后约于高度五百呎时二号发动机尾管冒火，客舱冒烟。
3、2003年3月21日复兴航空公司GE543客机，机型空中巴士A321，登记号码B-22603，本地时间下午22： 35(1435UTC)降落台南机场时，撞及36R跑道上施工工程车。机上计有正副驾驶2人，客舱组员4人及乘客169人均安，工程车驾驶受伤送医。飞机左起落架、左轮舱门、左内侧后缘襟翼及左后方机身受损。
4、2003年12月25日，复兴航空GE006班机于降落时发动机火警。
5、2004年10月18日，复兴航空公司GE536班机，机型A320，由台南机场飞抵台北/松山机场10号跑道落地着陆后，在跑道末端清除区滑入左侧草坪，于鼻轮滑进宽约1.5公尺、深约1公尺的排水沟中后停止。
6、2005年7月19日19:15时，复兴GE 028班机，机型ATR 72，B-22805，花莲飞抵松山机场10号跑道进场落地，由EH滑行道脱离，在CC滑行道提前右转进入勤务车道，右机翼前缘撞及停机坪照明灯柱后停止。机上驾驶员2人，客舱组员2人，乘客24人，其中客舱组员1人轻伤，余均安;右机翼尖部位上下蒙皮破裂、前梁及隔舱壁钣变形，机坪照明灯柱无损。
7、2012年5月2日下午1749时，复兴航空公司一架ATR-72 GE 515班机，国籍标志及登记号码B-22810，由松山机场起飞执行载客任务，目的地为马公机场，起飞通过约5,500呎时，#1发动机滑油警告灯闪，滑油压力表摆动，之后#1发动机火警警告出现，组员依程序执行处置，致动两只灭火瓶并将#1号发动机关车返场，落地前塔台询问是否需地面支持，组员检查发现火警情况已消失，回答不需支持，航机于1827落地，人机均安。
8、2013年7月1日复兴航空公司一架ATR-72型机，国籍标志及登记号码B-22806，班机编号GE 5111航班，于台北时间1618时，由松山机场起飞执行载客任务，目的地为马公机场。该机于起飞后，驾驶舱温度升高，COMPT与DUCT温度指示到顶，类似雾状水蒸气影响视线并造成正驾驶员脸、手及肚子不适，起飞后约3分钟驾驶舱仪表板出现”OVERHEAT AIR”超温警示讯息，飞航组员向管制员申请雷达引导ILS进场原场落地。随后驾驶舱“ELECTRIC SMOKE”警告声响，正驾驶员遂指示副驾驶员向航管宣告急迫通讯”Pan Pan”，要求尽速返航落地。航机位于五边时飞航组员执行“ELECTRIC SMOKE”程序，并于1631时返回松山机场，人机均安。
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