宇航员们27日晚与留在空间站的考察组告别，并关闭了过渡舱。莫斯科时间28日2点08分，飞船与国际空间站分离，4点39分发动机开启制动，5点06分飞船进入大气层，很快考察组承受到4个G的过载。5点17分发出打开主降落伞的指令。飞行控制中心提醒，“联盟 MS-06”飞船的返回舱应降落在哈萨克斯坦杰兹卡兹甘市东南方向146公里处。