国民党08年地区领导人参选人马英九表示，若胜选他主张应由朝野政党组成跨党派委员会共同监督两岸事务推展；他并提出中、长程计划，即中程两岸应同时回到“九二共识”，恢复“两会”功能；长程则应“立法”另组“联合委员会”处理两岸经常性事务谈判。

　　据台湾《联合报》报道，这是马英九首度完整提出的两岸架构。马英九认为朝野应组成跨党派委员会，一起监督两岸事务的推行，这一定要各党都有共识才能进行；否则两岸关系若沦为党派攻防的议题，会很难成功。

　　马英九说执政后将立即三管齐下，展开三通谈判、全面“小三通”、周末包机正常化等。

　　马英九提出中程计划。他说，跟大陆谈必须把海基会、海协会“两会”功能恢复，搭配议题，“让他们做本来就应该做的事情”。至于长程，马英九认为，两岸业务增多后，可组织“两岸架构”，以各领域专业人才共组联合委员会的方式，由专业幕僚处理经常性事务，不是为了某个议题才组团谈判。

　　马英九指出，联合委员会可能需要“立法”，或经由修改“两岸人民关系条例”而获得授权，当两岸业务多到一定程度需要经常性机构，联合委员会就可发挥功能。他说，一定有很多问题不容易处理，但一开始由专业幕僚接手，“慢慢两岸关系就会上轨道”。