刨出水污染的制度原因
环保审批前置制度、生态补偿机制不完善
审计表明，环保审批前置相关制度不够完善，是导致水污染的重要原因。
将环保审批作为企业工商注册登记的前置条件，是从源头控制污染的重要手段。但目前法律、行政法规仅对经营危险废物、设置拆船厂以及设立娱乐场所等特种行业有此要求，其他绝大多数行业，包括化工、造纸等重污染行业都未列入。
在水污染防治工作中，为保障下游地区的水环境和水资源，上游地区的经济社会发展往往会受到一定影响，需要对上游地区进行补偿。但“三河三湖”流域内的13个省区市中，除江苏、浙江两省外，其他地方的生态环境补偿机制大多尚未建立或不完善。
审计署有关负责人表示，总磷、总氮是反映湖泊污染状况的主要指标，但目前有关部门在水污染物总量减排考核和环境统计报表中，均未包括这两个指标，不利于对水污染防治工作和水质状况的全面反映和评价。
五年规划落实不力
部分项目责任主体或资金来源不够明确
审计表明，水污染防治五年规划落实不力。“三河三湖”水污染防治五年规划下达时间比较滞后，部分项目责任主体或资金来源不够明确，造成规划执行不太到位。
部分地区环境执法不到位。淮河和巢湖等5个流域1199个项目的环境影响评价和环保验收工作不够规范；海河和巢湖等5个流域的7个省市部分地区环境统计数据不够准确；海河、淮河2个流域的4个省市部分地区污染源自动监控设备联网率低，少数单位甚至违规干扰自动监控设备的正常运行，以逃避处罚。
部分地方农业和农村面源污染治理工作薄弱，城镇污水、污泥和垃圾处理不完全到位。如有的地方生活污水未经处理或仅经简易处理就对外排放，污水处理厂出水水质不达标、污泥和垃圾渗滤液未妥善处置，造成二次污染。
