2010年12月，马尾区人民法院开庭审理后，基本认定了控方所提供的证据，但最后判决：认定元盛公司构成虚开用于抵扣税款发票的单位犯罪，对元盛公司处以罚金200多万元，张建被以同罪判处有期徒刑10年。

　　然而，林某和林某某却未被追究虚开用于抵扣税款发票罪，而只是以妨碍作证罪被判处有期徒刑一年两个月，理由是林氏兄妹称买假发票是张建自己决定并实施的行为，他们此前并不知情。

　　福州市中级人民法院2011年3月在二审中认定，林某、林某某、荣某明知元盛公司在没有货物购销的前提下，让他人为自己开具用于抵扣税款的海关代征增值税专用缴款书”，但却作出维持原判的判决。

　　二审判决后，元盛公司被处罚金200多万元，张建也被关进监狱。而林某和林某某则很快被释放出狱。

　　记者就此事采访了马尾区公安局经侦大队办理此案的民警吴如善。他说当初此案立案后，他们经过了长时间大量的调查取证，证据链条准确完整，经侦部门出具的起诉书指控罪名与检察院公诉书指控罪名一样。在他这么多年的办案生涯中，公安部门经过调查取证，和检察院一起指控的罪名不被法院采纳的，这是唯一一次。