2005年的最后一天，福建省政府正式宣布：厦门湾内原漳州港所辖的3个港区和厦门港现有的5个港区合并，组成新的厦门港；原厦门港务局、漳州港务局机构相应撤销，成立厦门港口管理局，作为全厦门湾港口、航道和水路运输实施行政管理的交通主管部门。这种跨行政区域的港口合并，当时在全国还是首例。

　　厦门湾管理体制一体化之后，实施港政、规划建设、港口引航主体、港口生产统计分析、港口航道执法和水路运输行政管理“六统一”。整合后的厦门湾深水岸线将增加14公里，总长达40公里，可容纳万吨级以上深水泊位114个。

　　整合迅速为厦门港发展带来诸多积极效应：南岸原漳州的5个港区不仅也使用上了“厦门港”品牌，而且厦门市政府对港口的有关优惠政策由此延伸至南岸港区。比如实行24小时引航，缩短了船舶待港时间，大大提高了港口生产效率；新开通了两条外贸和11条内贸集装箱航线，集装箱航线覆盖到内地各大港口及港澳台地区和日本等国家。当年，港区便吸引来美、意、荷、日及港、台等近300家中外企业投资物流、金融、电子信息、加工制造等行业，总投资达18亿美元，年产值逾200亿元。

　　更为显著的是，整合后，厦门港口生产迅速增长。当年，全港集装箱吞吐量突破400万标箱，比增15.7%，跻身世界集装箱22强行列。2008年，厦门港再次发力，吞吐能力、货物吞吐量分别是2005年的2.01倍、2.03倍，特别是集装箱吞吐量突破500万标箱，位居全国第7位、全球第19位。2009年前11个月的数据显示，厦门港可望进入全国亿吨大港行列。依托厦门港带动，漳州市临港工业得以迅猛发展，新型工业化进程逐年加速。

　　厦门湾整合的成功效应，坚定了福建省高层“大整合”的决心。