1992年10月，党的十四大明确提出经济体制改革的目标，即要建立社会主义市场经济体制，使市场在国家宏观调控下对资源配置起基础性作用。为适应建立社会主义市场经济体制的需要，就要相应地进行有关方面的调整，加快政府职能转变，进一步改革政府机构，实行精兵简政。

90年代初，国务院工作部门由1988年改革后的68个增加到70个，加上归口部委管理的国家局16个，则为86个。省、自治区党政部门平均设到68个，京津沪三市平均设到100个，其他城市平均设到63个，县平均设45个。全国党政群机关和事业单位工作人员达3140万人，其中党政群机关925万人，事业单位2234万人。县以上各级党政群机关超编约60万人，乡镇一级超编214万人。

臃肿的机构，庞大的队伍，大大加重了国家财政负担。1980年全国行政管理经费开支为66.8亿元，占国家财政总支出的5.5%；到1990年，已达333.5亿元，占国家财政总支出的9.7%。江泽民同志在十四大报告中指出；“目前，党政机构臃肿，层次重叠，许多单位人浮于事，效率底下，脱离群众，已经到了非改不可的地步。各级党委政府必须统一认识，按照政企分开和精简、统一、效能的原则，下决心对现行行政管理体制和党政机构进行改革。”

1993年3月，党的十四届二中全会讨论通过了机构改革方案，这是第一次在中央全会上讨论通过机构改革方案。随后，八届全国人大一次会议审议通过了《国务院机构改革方案》，分别对综合经济部门、专业经济部门、社会管理部门、直属机构、办事机构和非常设机构提出了改革要求。

这次改革，将国务院经贸办改建为国家经贸委。撤销能源部，设立电力部、煤炭部。撤销机械电子部，设立机械部、电子部。撤销航空航天部，组建国家航空工业总公司、航天工业总公司。撤销商业部、物资部，设立国内贸易部。轻工部、纺织部改为轻工总会、纺织总会，不作为国务院的组成部门。

国家物价局、国家矿产储量局、黄金局、国家核安全局并入有关部委，作为该部委的职能局。国家气象局、专利局改为事业单位，国家建材局改为建材工业协会联合会。

部委归口管理的国家技术监督局、国家建材局、国家医药局、国家海洋局、国家地震局、国家外专局、国家语委、国家国有资产局、国家烟草专卖局、国家中医药局、国家商检局、国家文物局、国家外汇局、国家粮食局、国家测绘局等15个机构改为部委管理的国家局，其主要业务由主管的部委党组领导，但仍保留原印章和专项资金，在一定范围内可单独行文和开展工作。

经过以上调整，国务院原有组成部门42个，调整为41个，减少1个；原有直属机构19个，调整为13个，减少6个；原有办事机构9个，调整为5个，减少4个。同时，取消15个部委归口管理机构的称谓，改为部委管理的国家局，仍设15个。国务院的非常设机构也进行了大幅度的裁减，由85个，减少到26个。

国务院各部门无论是保留的，还是新设置的，都严格定编定员。国务院各部门原有行政编制41300余名。