1960年到1964年，为了贯彻国民经济调整的方针，进行了建国后的第三次较大机构改革。一是先后在中央和地方各级机关进行了两次比较集中的干部精简运动。二是中央收回五十年代后期下放给地方的权力并恢复被撤销的机构，到1965年底，国务院的机构数达到79个，为建国后的第二次高峰。

1966～1975年：“文革”中，政府机构发生非正常的大变动。1970年，国务院的79个部门撤销合并为32个，其中13个还由部队管理，达到建国以来中央政府机构数的最低点。1975年，邓小平主持国务院工作，并对各领域进行整顿，与之相适应，国务院工作部门恢复到52个。

1976～1981年：1976年，“四人帮”被粉碎后，鉴于当时经济上已处于崩溃，故沿用并发展了五十年代后期的管理体制和机构设置。到1981年，国务院的工作部门增加到100个，达到建国以来的最高峰。