伴随取消农业税这一划时代的重大变革，县乡财政困难、农民隐性负担等农村长期存在的一些深层矛盾问题逐渐显露，这也成为两会代表委员关注的话题。

　　政府工作报告中明确指出，全部取消农业税后，巩固和发展农村税费改革成果的任务仍然十分艰巨，关键是要全面推进农村综合改革。深化乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制这三项改革，成为中国农村下一步面临的深层次改革。

　　“取消农业税是一个倒逼机制，农业税收免征之后的这些改革，既涉及农村生产关系调整，也触及农村上层建筑变革，意义更深刻，工作更艰难。农村综合改革可谓步入了‘深水区’。”全国常德传说。

　　取消农业税后，乡镇财政收入来源发生改变。虽然国家采取了财政转移支付的措施，但能否完全解决乡镇财政“缺米少粮”问题值得观察。吉林省有关部门调查发现，到2004年末，全省乡均债务758万元，村均负债120.7万元。其中乡村两级有效债权不足50%，实际乡均负债684万元，村均负债97.5万元。

　　“随着农业税的取消，乡镇债务从来没有暴露得这样充分，而机构膨胀，冗员众多，使乡镇财政的困难局面更加严峻。”一些来自基层的代表纷纷作此反映。

　　“这需要启动乡镇机构改革来予以配套。撤乡并镇，消减冗员，是改革的必然选择。”吉林省前郭尔罗斯蒙古族自治县县委书记阿汝汗代表说。而按照今年中央一号文件部署，从2006年开始，我国已明确5年内乡镇机构编制只减不增。

　　基层财政来源转向，还波及农村义务教育经费的支出。对县乡两级财政来说，过去工资支付的大头给了教师，农业税免征之后，财力受到削弱的基层财政将更加头痛农村义务教育经费问题。“虽然政府工作报告中已提出，两年内将在全国范围内免除农村义务教育阶段学生学杂费，不过农村师资队伍建设问题依然长久存在，这需要引起重视。”全国人大代表孙鹤娟说。

　　为保证基层政权正常运转和农村义务教育的需要，政府工作报告已提出，自2006年开始，国家财政将每年安排支出1030多亿元。不过，这些钱的用意并非仅是全额补足县乡财政。“上级政府转移下来的财政资金，与县乡财政需求大约还存在一个百亿元的缺口。政府正是想以这个缺口为动力，切实推动改革，转变基层政府职能，挤压无效的相关开支。”中央财经领导小组办公室副主任陈锡文此前在国务院新闻办记者招待会上曾明确表示。

　　按照“”规划纲要的部署，今后5年，将全面推进农村综合改革，基本完成乡镇机构改革、农村义务教育和县乡财政管理体制等改革任务。值得关注的是，从今年起，这三大改革在有些地方已经启动，我国也将选择部分县(市)开展化解乡村债务试点工作。“中国农村又迎来更深层次的一轮改革。”全国人大代表常德传说。