公元前3000年左右，印度河文明产生于巴基斯坦境内。直至前2000年，生活在中亚的雅利安人来到印度河流域，征服了当地的达罗毗荼人，印度河文明逐渐衰亡。此后的“吠陀时代”，雅利安人的政治中心开始向北转移。前600年起，波斯统治巴基斯坦北部地区，前327年，亚历山大曾率军攻占过此地。此后被贵霜人统治，贵霜国王迦腻色迦当政时期(129-152年)，王朝疆域扩至克什米尔和喜马拉雅山以北的莎车和和田。

　　8世纪初，阿拉伯军队征服巴基斯坦和印度，建立伊斯兰政权，并将伊斯兰教传入，使大批当地居民成为穆斯林。11世纪初，巴基斯坦西北部处于阿富汗加兹尼王朝统治之下。12世纪初，古尔王朝又取代了加兹尼王朝。1206年，库特布·艾伯克建立奴隶王朝，巴基斯坦和印度开始处于同一政权统治之下。此后300年间历经了6个王朝(德里苏丹王朝)，直至1526年被莫卧尔王朝取代。

　　1757年后，巴基斯坦随印度成为英国殖民地，英国“分而治之”的政策使穆斯林与印度教徒之间冲突加剧。赛义德·阿赫默德·汗领导了阿利加尔运动，其继承者于1906年成立了“全印穆斯林联盟”，曾一度与国大党合作，共同争取印度的民族独立，但1928年合作破裂。1940年3月23日，穆罕默德·阿里·真纳领导下的穆斯林联盟在拉合尔召开全国会议，通过了建立巴基斯坦的决议。1947年6月，英国公布蒙巴顿方案，同意印巴分治。8月14日，巴基斯坦宣布独立，成为英联邦的自治领。1956年3月23日，巴基斯坦改自治领为共和国，定国名为巴基斯坦伊斯兰共和国。

　　巴基斯坦独立后，与印度因领土纠纷(即克什米尔问题)于1948年、1965年、1971年在克什米尔地区发生了三次印巴战争。第三次印巴战争直接造成东巴基斯坦独立成为孟加拉国。1972年7月，双方签署了《西姆拉协定》，实现停火。此后双方多次会谈，但未达成任何协议，1989年起，双方不断交火，1998年5月巴基斯坦继印度之后进行了6次地下核试验，使紧张局势加剧。2003年4月，印巴两国先后表达了重新进行对话的意愿，11月25日在实际控制线停火。