全市境内有大小河流21条，中小型水库26座，哈素海是境内最大的湖泊。除黄河外，较大的河流有清水河、浑河、大黑河、小黑河、什拉乌素河、抢盘河等，以及源于大青山、蛮汉山沟谷的几条季节性河沟。受构造、岩性及地貌的控制，地下水资源分布极不均匀，除丘陵山区外，广大的平原区都埋藏有较丰富的地下水。全境水质较好，适宜于农田灌溉和人畜饮用，但水资源人均占有量低，属水资源不足地区。

　　据第二次土壤普查，呼和浩特市土壤类型较为复杂，共有12个土类。由于地形、地貌、气候、植被和水分条件的地域性差异，土壤分布具有明显的地域性和地带性特征。全市主要耕地土壤为潮土、栗钙土和栗褐土，平均有机质含量为1.79% ，含氮0.06 — 0.11% ，速效磷3.7 — 9.2ppm ，速效钾79.8 — 157ppm ，耕作土壤养分含量普遍较低，不经培肥难以满足各种农作物稳产、高产的需求。