自2002年国务院修订《住房公积金管理条例》并颁发《国务院关于进一步加强住房公积金管理的通知》以来，按照该条例和文件要求，各地对住房公积金管理体制和机构进行了调整，在健全决策体制、加强规范化管理等方面取得了显著成效。但就全国而言，当前各地住房公积金制度运作和发展，仍然面临如下问题亟待解决。住房公积金制度覆盖率较低，覆盖面较窄

　　 尽管截至2007年年末，全国住房公积金缴存人数为7187.91万人，比2006年增长了3.77%，但是与《住房公积金管理条例》规定的覆盖城镇在职职工的要求相比，仍然差距较大。原因一是部分国有企业和事业单位职工因改制脱离出公积金体系，原来建立了住房公积金制度的职工因身份的改变而停缴了住房公积金。二是部分外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业，由于种种原因不愿为职工缴纳住房公积金。三是部分单位实行对所谓编制内的正式员工缴纳住房公积金，而对聘用的员工则不予缴纳住房公积金。

　　 与此同时，城镇个体工商户、自由职业人员、外来进城务工人员、在城市有固定工作的农民工等群体还没有纳入住房公积金制度之中。住房公积金资金效率有待进一步提高

　　 2007年，住房公积金使用率（个人提取总额、个人贷款余额与购买国债余额之和占缴存总额的比例）为74.58%，住房公积金运用率（个人贷款余额与购买国债余额之和占缴存余额的比例）为57.24%，沉淀资金为2186.55亿元，沉淀资金占缴存余额的比例为22.76%。

　　 住房公积金使用方式单一是造成资金效率不高的重要原因。目前，住房公积金资金除少量用于购买国债外（2007年购买国债余额为405.76亿元，占住房公积金缴存余额的比例为4.22%），大部分用于发放个人住房贷款。由此又进一步形成住房公积金使用的公平问题，即在高收入者与低收入者群体之间，前者有能力购房，成为公积金贷款的主要受益者；而后者由于无能力购房，既不能享受公积金贷款的优惠利率，也难以提取使用住房公积金，同时还要以较低利率强制储蓄承受利息损失。

　　 住房公积金制度发展呈现地区性与阶段性的不平衡现象

　　 2007年年末，东、中、西部地区实际缴存职工人数分别为3567.63万人、1982.24万人和1638.05万人，分别比上年末增长4.89%、4.19%和1.55%。2007年的缴存额分别为2135.24亿元、708.07亿元和699.61亿元，同比分别增长17.96%、22%和30.18%；当年发放个人贷款额分别为1398.74亿元、397.47亿元和405.37亿元，同比分别增长16.78%、17.31%和77.3%。尽管中西部地区的缴存额和发放贷款额的增长速度较快，但从总量上看与东部地区差距较大。

　　 同时，各地住房公积金的资金整体运用和融资效率状况也存在比较明显的差异。在沿海和经济发达地区，住房公积金个人购房贷款发放率较高，资金运用率平均达到75%以上，而在经济发展相对较缓的西部及中部地区，住房公积金总体资金运用率平均仍不足50%。造成以上地区差异的原因，主要是由于各地社会经济发展水平不同，导致住房公积金制度处于不同的发展阶段。住房公积金的风险管理问题日益突出

　　 目前，我国住房公积金个人住房贷款总体质量较高，资金总体处于安全状态。截至2007年年底，全国住房公积金个人贷款余额占缴存余额的比例（即个贷率）为 52.83%，当年个人贷款发放额占当年缴存额的比例为62.14%，个人贷款逾期余额为 2.8亿元，全国平均逾期率为0.06%，年末贷款风险准备金余额为233.18亿元，占贷款余额的4.58%（该比例远远超过一般商业银行风险准备金占信贷资产余额1%的比例）。另一方面，住房公积金在风险管理方面仍存在一些突出问题，需要予以高度重视和解决。

　　 一是住房公积金资金挤占挪用问题尚未完全解决。2007年，住房公积金项目贷款、单位贷款和挤占挪用资金余额为17.44亿元，占缴存余额的比例为0.18%，主要是2002年国务院《住房公积金管理条例》修订前发放的经济适用房和危旧房改造等项目贷款。

　　 二是住房公积金投资风险仍然存在。按照《住房公积金管理条例》，住房公积金沉淀资金只能投资购买国债。从2004年开始，原建设部会同财政部、中国人民银行发出紧急通知，要求各地只能通过银行间债券市场购买国债。但个别地方为提高收益率违规操作，导致潜伏着较大的金融风险。

　　 三是住房公积金个人贷款担保机制不完善潜藏风险。目前住房公积金制度实行属地管理，各地住房公积金个人贷款业务和与之配套的担保业务相互隔离，这种地区分割且封闭运作的担保模式存在着无法分散和规避区域性经济和房价波动引致的贷款风险的系统缺陷。