不但舆论不满，两宫太后及朝中大臣，亦无不觉得封疆大吏死得不明不白，不但有伤国体，而且此风一开，中外大员心存顾忌，会不敢放手办事，否则就可能成为马新贻第二。同时就照魁玉和张之万的奏报来说，前面说张文祥怀恨在心，又以在逃海盗龙启沄等人，指使他为同伙报仇，因而混进督署行刺，“再三质讯，矢口不移”，后面却又说：“其供无另有主使各情，尚属可信”，由“尚属”二字，可见魁玉和张之万并未追出实情，所以无论从那方面来看，这一案不能就此了结。

　　还要严办的宗旨是大家都同意了的，如何办法？却有不同的主张。有人以为应该撇开曾国藩，另派钦差查办；有人以为曾国藩在两江总督以外，还有大学士的身分，此案应归他主持。两宫太后召见军机，仔细商量结果，决定兼筹并顾。一方面尊重曾国藩的地位，一方面另派大员到江宁，重新开审。同时为昭大公起见，决定用明发上谕：“马新贻以总督重臣，突遭此变，案情重大！张文祥所供挟恨各节，暨龙启沄等指使情事，恐尚有不尽不实；若遽照魁玉等所拟，即正典刑，不足以成信谳，前已有旨，令曾国藩于抵任后，会同严讯，务得确情；着再派郑敦谨驰驿前往江宁，会同曾国藩将全案人证，详细研鞫，究出实在情形，从严惩办，以伸国法。随带司员，着一并驰驿。”于是谕令曾国藩：“两江事务殷繁，职任綦重，曾国藩老成宿望，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜，现虽目疾未痊，但得该督坐镇其间，诸事自可就理，该督所请另简贤能之处，著毋庸再议。”

　　这下子除了曾国藩速回江宁外，再派刑部尚书郑敦谨作为钦差大臣携随员赴江宁复审。不仅主审大员撤换，就连司员也全部更换，既显示出朝廷处理此案的决心，也反映出对前审案人员的不满和失望。郑敦谨是刑部尚书，湖南长沙人。道光十五年乙未科的翰林，这一榜是名榜，人才济济，在咸丰初年，红极一时。郑敦谨的官运却不算太好，翰林散馆，当了刑部主事，外放以后，一直调来调去当藩司，但颇有政绩。直到同治改元，才内调为京堂，升侍郎、升尚书。刑部尚书他是第二次做，第一次当刑部尚书在三年前，恰好西捻东窜，山西巡抚赵长龄防剿不力，带兵的藩司陈湜，是曾国荃的姻亲，本人性喜渔色，部下纪律极坏，慈禧太后得报震怒，大年三十派郑敦谨出京查办。结果按查属实，赵长龄和陈湜得了革职充军的处分，而郑敦谨铁面无私的名声，也就传了开来。

　　因此，上谕发抄，舆论都表示满意，期待着郑敦谨也象那次到山西查办事件一样，必能将这桩疑案办得水落石出，河清见鱼。郑敦谨却是心情沉重，因为他是湖南人，而江宁是湘军的天下。但又不愿借词规避。

　　过了初五，郑敦谨会同曾国藩约集江宁的司、道、府、县会谈案情，别人都不讲话，只有孙衣言侃侃而谈，说指使的人倘能逍遥法外，则天下将无畏惧之心，又何事不可为？所以这一案办得彻底不彻底，对世道人心，关系极大。又说，民间谣诼纷传，上海戏园中甚至编了“张文祥刺马”这么一出新戏开演，明明是诬蔑马新贻的荒唐不经之谈，而竟有朝中大臣，信以为真，做一首诗，说什么“群公章奏分明在，不及歌场独写真”，马新贻含含冤而死，复蒙重谤，天下不平之事，那里还有过于这一案的？

　　上海丹桂茶园编演“刺马”新戏，轰动一时，连远在安庆的安徽巡抚英翰，都有所闻，特为咨请上海道涂宗瀛查禁，以及孙衣言所提到的那两句诗，郑敦谨无不知道。那首诗出于乔松年的手笔，郑敦谨跟他虽是同年，也觉得他做这样的诗，实在有伤忠厚。不过乔松年家世富饶，虽做过大官，不脱绔裤的习气，养尊处优，深居简出，跟恭王是倡和的朋友，一时觅不着诗材，信口开河，不足为奇。

　　很多资料记载当时的庭审情景，不过说法不同。经过对各种纪录的权衡之后，我大致推断出以下的情形：当时决定正月初七开审，照例由首县办差，定制了簇新的刑具，送到钦差行辕，就在二厅上布置公堂，一共设了五个座位，除去郑敦谨和随带的两名司员以外，另外两个座位是孙衣言和袁保庆的，因为此案的结果，已经可以预见，怕他们两人将来不服，会说闲话，甚至策动言官奏劾，别生枝节，所以建议郑敦谨用钦差大臣的身分，委札孙衣言、袁保庆参与会审

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